利用WGCNA进行棉花果枝节间伸长相关基因共表达模块鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 巨飞燕

作者： 巨飞燕;巨飞燕;张思平;刘绍东;马慧娟;陈静;葛常伟;沈倩;张小萌;刘瑞华;赵新华;张永江;庞朝友

作者机构：

关键词： 加权基因共表达网络分析;棉花;节间伸长;转录组

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2019 年 005 期

页码： 403-413

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]旨在进行棉花果枝节间伸长相关基因的共表达模块鉴定,研究基因整体表达规律,挖掘目标基因及候选基因.[方法]以两个株型结构差异显著的棉花品种(新陆中77和鲁棉研28)的18份不同长度果枝节间样本的转录组数据作为分析对象,通过权重基因共表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)进行模块的划分,根据模块功能富集分析及基因表达模式进行特异性模块的筛选及枢纽基因的鉴定,利用Cytoscape_3.3.0进行加权基因共表达网络图的绘制.[结果]利用34 559个有效基因创建了共表达网络,划分为13个共表达模块,筛选得到Cyan模块为与棉花果枝节间伸长相关的特异性模块,并发现植物激素信号转导通路中的JAZ(Jasmonate-zim-domain protein)基因为该模块的枢纽基因,挖掘到80个潜在的候选基因,并用其构建了基因互作调控网络.[结论]JAZ类基因在抑制棉花果枝节间伸长生长过程中发挥着重要的作用,本研究结果可为棉花果枝节间伸长的调控机理研究提供数据支持,为进一步调控棉花株型结构奠定理论基础.

分类号： S562

  • 相关文献

[1]辣椒果实类胡萝卜素调控因子转录组和靶向代谢组分析. 段敏杰,李怡斐,王春萍,杨小苗,黄任中,黄启中,张世才. 2024

[2]利用WGCNA鉴定棉花抗黄萎病相关基因共表达网络. 傅明川,李浩,陈义珍,柳展基,刘任重,王立国. 2020

[3]甘蔗节间伸长机理研究进展. 吴建明,周慧文,陈荣发,闫海锋,范业庚,罗霆,丘立杭,周忠凤. 2021

[4]不同化学调控剂对甘蔗节间伸长及糖分积累的影响. 罗含敏,周慧文,闫海锋,陈荣发,范业赓,罗霆,周忠凤,吴建明,丘立杭. 2023

[5]赤霉素喷施时期对水稻光温敏核不育系节间伸长和抽穗相关性状的影响. 夏俊辉,田继锐,龚俊义,孟祥伦. 2015

[6]大麦旗叶的光合能力对产量的影响. 田玉山,拾方坚,林小泉,郭孝. 1992

[7]甘蔗节间伸长过程赤霉素生物合成关键基因的表达及相关植物激素动态变化. 范业赓,丘立杭,黄杏,周慧文,甘崇琨,李杨瑞,杨荣仲,吴建明,陈荣发. 2019

[8]高温胁迫下棉花苗期的生理响应和转录组分析. 王晓曼,王琼珊,夏松波,王孝刚,张教海,张友昌,张兴中,别墅. 2019

[9]适用于转录组测序的棉花幼根总RNA提取方法筛选. 王春晖,赵云雷,王红梅,陈伟,龚海燕,桑晓慧. 2013

[10]棉花叶片衰老过程中一氧化氮响应转录组学分析. 庞朝友,范术丽,宋美珍,魏恒玲,喻树迅. 2015

[11]棉花耐低温研究进展. 阴祖军,王德龙,王帅,樊伟丽,郭丽雪,叶武威. 2016

[12]红光促进棉花胚性愈伤诱导的转录组分析. 葛梦杰,张朝军,栗战帅,王小艳,孙志茂,陈柏志,张迁,乔凯凯,马常凯,曹晓聪,吕娇艳,王龙,王艳文,张茹佳,聂君伟,马启峰,陈全家,范术丽. 2024

[13]荷斯坦奶牛肝脏组织中与泌乳时期及繁殖力相关的基因共表达网络构建. 张志飞,唐雪颖,闵力,童雄,陈卫东,巨向红,李大刚. 2024

[14]基于脾脏转录组筛选北京油鸡和广明白鸡抗热应激相关功能基因. 王子渲,王巧,张锦,Astrid Lissette Barreto Sánchez,郑麦青,李庆贺,崔焕先,安炳星,赵桂苹,文杰,李和刚. 2023

[15]利用加权基因共表达网络分析方法挖掘香菇发育不同阶段的关键基因. 宋婷婷,沈颖越,徐飞,范丽军,蔡为明. 2021

[16]基于转录组和加权基因共表达网络的广叶绣球菌木质纤维素降解特性分析. 肖冬来,马璐,杨驰,刘晓瑜,林辉,江晓凌. 2023

[17]基于加权基因共表达网络分析探究桑树光合相关基因的调控模式. 李勇,黄锦,于翠,莫荣利,朱志贤,董朝霞,胡兴明,邓文. 2022

[18]基于转录组和WGCNA筛选小麦籽粒蛋白质累积相关调控基因. 潘丽媛,王永军,李海军,侯富,李菁,李丽丽,孙苏阳. 2025

[19]基于WGCNA探讨葛根素对呕吐毒素诱导C6细胞损伤的保护作用. 赵海平,刘林,王昕璐,岳鹏飞,孔维军,王蒙. 2024

[20]基于广泛靶向代谢组学研究外源酶对夏绿茶茶汤苦涩味的影响. 陈善敏,罗红玉,常睿,王奕,袁林颖,杨娟. 2025

作者其他论文 更多>>

微信小程序