三疣梭子蟹生长相关SNP位点的鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张德宁

作者： 张德宁;吕建建;刘萍;冯艳艳;高保全;李健

作者机构：

关键词： 三疣梭子蟹;生长性状;转录组;SNP;关联分析

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2015 年 22 卷 03 期

页码： 393-401

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80%,颠换突变的比例为20%,转换的比例远远大于颠换,符合"transition bias"原理。C/T(G/A)突变所占比例为60%,G/T(C/A)突变占20%,A/T突变占9.33%,G/C突变占10.67%,C/T(G/A)突变所占比例最大。内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp,外显子上仅为0.17/100 bp,说明外显子上的碱基更加保守。通过飞行质谱法,在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点;通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析,发现3个SNP位点与生长性状显著相关(P<0.05),并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关(P<0.01);一般线性模型的多元方差分析显示,comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关(P<0.01),与体长、体高2个性状为显著相关(P<0.05);comp46623-F49位点与甲宽显著相关(P=0.05);comp49193-R333位点与甲宽显著相关(P<0.05)。通过对SNP位点的多态性分析发现,三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度(Ho)范围为0.162 8~0.833 3,期望杂合度(He)范围为0.189 6~0.591 2,并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记。该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]斑点叉尾MSTN基因4个SNP位点及其与生长性状的相关性. 张世勇,王明华,钟立强,秦钦,潘建林,陈校辉,边文冀. 2017

[2]斑点叉尾GHRH基因3个SNPs位点及其单倍型组合与生长性状的关联分析. 张世勇,钟立强,秦钦,王明华,潘建林. 2016

[3]草鱼载脂蛋白A-Ⅰ-1基因3'非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析. 刘小献,白俊杰,于凌云,李胜杰. 2012

[4]草鱼载脂蛋白A-I-1基因3'非编码区SNPs筛选及其与生长性状的关联分析. 刘小献,白俊杰,于凌云,李胜杰. 2012

[5]大口黑鲈EST-SNP标记开发及其与生长性状的相关性分析. 李胜杰,白俊杰,赵荦,朱冰,朱新平. 2018

[6]三疣梭子蟹线粒体基因组单核苷酸多态性. 赵莲,李志辉,张培,薛蓓,赖晓芳,高焕,阎斌伦. 2018

[7]三疣梭子蟹线粒体基因组SNP在增殖放流家系识别中的应用. 赵莲,李志辉,张培,薛蓓,赖晓芳,张庆起,高焕,阎斌伦. 2018

[8]三疣梭子蟹家系的建立及生长性状比较. 高保全,刘萍,李健,戴芳钰,王学忠. 2010

[9]三疣梭子蟹3个地理种群杂交子一代生长和存活率的比较. 高保全,刘萍,李健. 2008

[10]尼罗罗非鱼MYF6基因SNP位点筛选及其与生长性状的关联分析. 高风英,佟延南,刘志刚,曹建萌,王淼,衣萌萌,可小丽,卢迈新,朱海. 2024

[11]DHRS4基因在猪骨骼肌中的表达及其与生长性状的关联分析. 张垒霞,杨言昭,李文通,刘颖,周荣,杨亚岚,李奎. 2020

[12]番鸭及半番鸭SNP研究进展. 徐铁山,刘志勇,林哲敏,陈积坤,顾丽红. 2017

[13]基于RAD-seq的大口黑鲈选育群体快长SNP挖掘及其与生长性状的关联分析. 华吉祥,陶易凡,李岩,王庆春,陈文华,诸葛燕,张茂友,董亚伦,路思琪,姜冰洁,强俊. 2024

[14]植物的单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用. 郝岗平,杨清,吴忠义,曹鸣庆,黄丛林. 2004

[15]基于全基因组关联分析挖掘野生大豆蛋白含量QTL. 高倩,冯燕,杨雅华,赵青松,雷雅坤,刘兵强,张孟臣,史晓蕾,杨春燕. 2021

[16]水稻苗期耐亚铁毒和锌毒胁迫的关联分析. 张建,王小倩,向小娇,申聪聪,徐建龙. 2015

[17]猪SLA-DQA一个新SNP的发现及其遗传效应的研究. 彭勇波,李奎,樊斌,余梅,朱猛进,熊统安,彭中镇,刘榜. 2005

[18]干旱胁迫下长豇豆茎干持绿性的关联分析. 鲁忠富,胡耀文,汪宝根,吴晓花,徐沛,李国景. 2014

[19]猪ZP4基因的SNP鉴定、选择压及其与产仔数的关联分析. 梁国明,陈锋剑,赵勤涛,刘辰晖,唐中林. 2017

[20]鲤饲料转化率性状的关联分析及优异等位变异挖掘. 张晓峰,李超,鲁翠云,曹顶臣,孙效文. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序