刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 畅孟阳

作者： 畅孟阳;李彬;荣小军;王锦锦;于永翔;王印庚;廖梅杰;张正;范瑞用;刘清兵

作者机构：

关键词： 刺参;microRNA;灿烂弧菌;胁迫应答;靶基因;miRNA-mRNA调控网络

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2023 年 002 期

页码： 107-117

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： microRNA参与基因的转录后调控，在真核生物的生长发育、细胞分化和免疫防御等过程中发挥重要作用。刺参（Apostichopusjaponicus）病害问题已成为产业发展的主要限制因素之一，而其病害发生的分子机制尚待进一步完善。本研究以刺参重大疾病“腐皮综合征”的重要致病原灿烂弧菌（Vibriossplendidus）为侵染菌株，通过人工侵染实验制备患病刺参样本，采用miRNA-seq技术对侵染组（PT16S）和对照组（PT10H）各3头刺参的体壁组织进行miRNA测序，通过相关生物信息学软件对miRNAs进行鉴定和分析，筛选差异表达miRNAs （DEmiRNAs）并预测其靶基因，构建关键调控途径的miRNA-mRNA调控网络。结果显示，PT10H组平均得到5 902 588条有效序列，194个已知miRNA和19个新的miRNA;PT16S组平均得到5 053 529条有效序列，182个已知miRNA和42个新的miRNA。对2组鉴定到的miRNA进行差异表达分析，共筛选到2个上调和11个下调的具有显著差异的DEmiRNAs（P≤0.05），上调的DEmiRNAs靶基因预测结合到3010个靶基因，注释到585个GO terms及24条信号通路（P≤0.05），下调的DEmiRNAs靶基因预测到19 072个靶基因，注释到514个GOterms以及22条信号通路（P≤0.05）。对筛选到的DEmiRNAs进行实时荧光定量PCR （qRT-PCR）验证，显示miRNA-seq与qRT-PCR的一致率达到70%。根据KEGG分析结果构建泛素介导的蛋白水解途径和Notch信号通路的miRNA-mRNA调控网络，结果显示，13个DEmiRNAs分别靶向结合134个与泛素介导的蛋白水解相关的m RNAs和109个与Notch信号通路相关的m RNAs,Aja-miR-184、Aja-miR-2478和Aja-miR-9277p等DEmiRNAs可能参与对Notch信号通路和对泛素介导的蛋白水解的调控。相关研究结果将为刺参疾病发生调控网络建立和机制解析提供依据。

分类号： S947.9

  • 相关文献

[1]养殖刺参“腐皮综合征”致病菌——灿烂弧菌的原位杂交检测方法的建立与应用. 王印庚,荣小军,张凤萍,王岚,廖梅杰,邹安革. 2013

[2]应用PCR方法检测刺参腐皮综合征病原——灿烂弧菌. 张凤萍,王印庚,李胜忠,荣小军,廖梅杰,张正. 2008

[3]养殖刺参腐皮综合征2种致病菌间接荧光抗体快速检测方法. 王印庚,谢建军,荣小军,廖梅杰,张正. 2010

[4]抗"腐皮综合症"刺参体腔液指标变化的初步研究. 郝志凯,王印庚,廖梅杰. 2011

[5]刺参腐皮综合征病原灿烂弧菌检测探针的制备及应用. 王印庚,张凤萍,李胜忠,陈霞,崔玉龙. 2009

[6]刺参养殖池塘中一株植物乳杆菌的分离及其生物学特性. 张永刚,李彬,王印庚,王金燕,廖梅杰,张正,宁鲁光,范瑞用. 2019

[7]microRNA在植物生长发育中的作用. 刘海丽,丁艳菲,潘家荣,江琼,王光钺,朱诚. 2013

[8]基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因. 姚怡玮,徐静,杨萌,李燕呢,何美军,郭坤元,吴斌. 2019

[9]花生荚果发育过程中的microRNA鉴定与表达分析. 胡冬秀,刘浩,洪彦彬,梁炫强,陈小平. 2021

[10]LPS诱导镰形扇头蜱miRNAs及miR-133-3p靶基因的验证. 王方方,龚海燕,张厚双,周勇志,曹杰,周金林. 2015

[11]microRNA的功能及家蚕microRNA的研究进展. 宋菲,王欣,钱平,陈晨,范洋洋. 2015

[12]4条小麦保守MicroRNAs的表达谱分析及其靶基因预测. 闫妍,韩冉,赵惠贤. 2012

[13]靶向MAPK信号通路调控脂肪细胞分化的microRNAs. 张秀秀,郭云涛,黄万龙,李嫒,苗向阳. 2016

[14]降解组测序技术在玉米雌穗发育相关miRNA靶基因中的应用. 赵晓锋,吕盼晴,张珂,付忠军,许蒙蒙. 2015

[15]仿刺参养殖区泥样中灿烂弧菌拮抗菌的快速筛选及其保护作用. 陈四清,李杰,韩茵,唐磊,白海盟,刘长琳,邹安革,祁自忠. 2014

[16]仿刺参硫酸软骨素合酶1基因克隆及灿烂弧菌感染后的表达特征模式分析. 谭颜廷,葛建龙,廖梅杰,荣小军,王锦锦,李彬,赵岩峰,王印庚,王璐. 2024

[17]仿刺参硫氧还蛋白基因在灿烂弧菌和鳗弧菌刺激下的应激表达特征. 吕新芳,孔令明,王学广,张晓雨,王文泉,杜宗军,李玉春. 2015

[18]麻保沙星对主要海洋致病性弧菌的体外抗菌活性及抗菌后效应. 李晖,李健,张喆,潘鲁青. 2010

[19]仿刺参幼体烂胃病及其致病原鉴定. 王印庚,孙素凤,荣小军. 2006

[20]氟苯尼考对3种海洋致病性弧菌的体外抗菌后效应. 李晖,李健,孙铭,梁俊平. 2013

作者其他论文 更多>>

微信小程序