基于SNP标记的糯玉米指纹图谱构建和遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐磊

作者： 徐磊;徐志军;安东升;胡小文;高玉尧;刘洋

作者机构：

关键词： 糯玉米;指纹图谱;SNP标记;遗传多样性;聚类分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2022 年 019 期

页码： 6405-6414

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为鉴定糯玉米品种的真实性，探究糯玉米品种间的亲缘关系。本研究以国内市场上推广的39份糯玉米品种为试材，利用基于靶向测序基因型检测（genotyping by target sequencing, GBTS）技术进行SNP （single nucleotide polymorphisms, SNP）标记检测，并开展DNA指纹图谱构建和NJ聚类分析。结果表明，在39份品种中获得6 397个SNP基因分型数据，根据基因型完整度和次要等位基因频率（minor allele frequency,MAF）筛选了4 767个SNP位点，平均杂合率为33.94%；缺失率平均值为0.54%;MAF值分布在0.054～0.500之间，平均值为0.260；多态性信息含量（polymorphism information content, PIC）分布在0～0.375之间，PIC平均值为0.28，为中度多态性位点；39份糯玉米品种的SNP杂合率为20.62%～29.94%，平均值为26.79%，具有较高的杂合度；通过筛选PIC值大于0.37的25个SNP位点，可完全区分39个品种，鉴定率100%；基于4 767个SNP的聚类分析结果表明，39个品种被划分为5大类群。本研究结果可为糯玉米品种鉴定、自交系选育提供理论和技术支持。

分类号： S513

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