金莲花基因组Survey分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈虞超

作者： 陈虞超;郭威;王亮;张波;袁媛;郭生虎

作者机构：

关键词： 金莲花;基因组Survey分析;基因组大小;杂合度;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2025 年 23 卷 006 期

页码： 1987-1992

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了揭示金莲花(Trollius chinensis)基因组大小，本研究利用Illumina NovaSeq测序平台及生物信息学方法对金莲花基因组进行Survey分析。结果表明，金莲花基因组大小约为3.96 Gb，基因组杂合度为1.66%，重复序列占比为74.14%,GC含量为40.04%；基因组中含有52 907个SSR (Simple sequence repeats)，其中三核苷酸重复类型SSR占比最高，为28.23%。从测序数据中随机提取10 000条reads与NT数据库进行blastn比对，结果显示其中2 867条能够比对到数据库中；物种分类结果显示，比对结果中占比最多的物种是毛茛亚科(Ranunculoideae)，共656条。基因组Survey分析结果表明，金莲花基因组属于较大的复杂基因组，后续可采用二代(Illumina)测序技术与三代(PacBio)测序技术相结合的方式获得高质量全基因组。本研究对金莲花基因组大小及基本特征进行了初步的探索，为金莲花的基因组测序研究提供了参考依据。

分类号： S567.239

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