基于全基因组关联分析挖掘野生大豆蛋白含量QTL

文献类型： 中文期刊

第一作者： 高倩

作者： 高倩;冯燕;杨雅华;赵青松;雷雅坤;刘兵强;张孟臣;史晓蕾;杨春燕

作者机构：

关键词： 野生大豆;蛋白含量;关联分析;SNP;单倍型

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2021 年 0S1 期

页码： 23-30

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了充分挖掘野生大豆种质资源中的高蛋白基因及其连锁标记,以来自中国、韩国和日本,涵盖第4,5,6,7,8熟期组的508份野生大豆种质资源为材料,通过全基因组关联分析挖掘与野生大豆中高蛋白基因相关的SNP。参试材料蛋白含量数据从美国农业部种质资源信息网下载,为2 a利用凯氏定氮法测定蛋白含量数据平均值,基因型数据从Soybase网站下载,利用Illumina公司大豆50K芯片（SoySNP50K BeadChip含有52 041个SNP标记）检测获得。结果表明,参试材料蛋白含量呈正态分布,介于38.1%～56.9%,平均48.1%,标准差2.71%。遗传结构分析将参试材料划分为3组,分别包含271,111,126份材料。基于混合线性模型的关联分析,共检测到与蛋白含量相关的SNP位点74个,散布在19条染色体的60个单倍型区段内。显著性SNP位点LOD平均值为3.47,SNP位点BARC1.01Gm0154656209AG的LOD值最大,为5.18。根据显著性SNP位点富集程度,确定第11号染色体常染色质区15 128 832～15 253 199 bp、第12号染色体异染色质区26 842 687～27 818 244 bp的单倍型区段为本研究中的2个蛋白含量显著性相关区段,命名为HAP111和HAP121。HAP111中,SNP位点BARC1.01Gm1115167305GA的LOD值最大,为3.80,可解释遗传变异为2.88%。HAP121中,SNP位点BARC1.01Gm1227563620CT的LOD值最大,为4.12,可解释遗传变异为3.23%。为野生大豆高蛋白基因育种利用提供了检测标记,为野生大豆高蛋白基因克隆提供了线索。

分类号： S565.1

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