鲤鱼和斑马鱼同义密码子使用偏性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张晓峰

作者： 张晓峰;孙效文

作者机构：

关键词： 鲤鱼;斑马鱼;同义密码子使用偏性;最优密码子;GC含量

期刊名称： 水产学杂志

ISSN： 1005-3832

年卷期： 2010 年 23 卷 04 期

页码： 23-29

摘要： 本研究利用鲤鱼454测序所获得的基因的表达序列和GeneBank中斑马鱼全部基因的编码序列,采用多重变量分析软件CodonW对鲤鱼和斑马鱼影响密码子用法的因素进行了分析。结果表明,两个在59种同义密码子中有27种为最优密码子。同时还指出,最优密码子的使用频率(Fop)与基因的G+C含量(GC),尤其是第三位密码子的G+C百分含量(GC3S)、密码子适应指数(CAI)和密码子偏爱指数(CBI)之间均呈现极显著的正相关(鲤鱼和斑马鱼的相关系数分别为r=0.4108和0.4087、0.5354和0.5628、0.7547和0.7771、0.9803和0.9741),而与有效等位基因数ENc存在显著负相关(相关系数r=-0.2832和-0.2390)。表明基因GC含量直接影响密码子使用的偏性,同时基因的表达水平越高,对密码子的使用偏向性越强。

分类号： S917.4

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