基于RNA-Seq数据筛选的小桐子抗冷相关基因的表达模式及其聚类分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王海波

作者： 王海波;邹竹荣;龚明

作者机构：

关键词： 小桐子;RNA-Seq;抗冷相关基因;表达模式;聚类分析

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2014 年 3 卷 06 期

页码： 1196-1205

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 能源树种小桐子属冷敏植物,受低温胁迫影响涉及到形态、生理、生化、基因表达及调控等多个方面。我们最近通过RNA-Seq技术获得了小桐子低温锻炼转录组(45 251条Unigene)及其数字基因表达谱数据,发现在12℃低温锻炼下有4 185个基因表达量发生变化,其中在不同锻炼时间(12 h,24 h,48 h)内都发生变化的基因有553个。本工作从中选择了22个与对照相比有较大表达差异、新诱导的或被公认的抗冷相关基因,通过半定量RT-PCR及进一步聚类分析检测它们在小桐子不同组织及低温锻炼过程中的表达模式,结合其数字基因表达结果以期找出与小桐子抗冷性密切相关的潜在关键基因,为小桐子抗冷性的遗传改良打下基础。

分类号： S794.9

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