甘蓝型油菜BnFAD2基因的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈镇

作者： 陈镇;何晓莹;王敬乔;李根泽;束正齐;赵凯琴;程小毛;俎峰

作者机构：

关键词： 甘蓝型油菜;FAD2;生物信息学;sgRNA;油酸

期刊名称： 湖北农业科学

ISSN： 0439-8114

年卷期： 2021 年 011 期

页码： 134-140

收录情况： 北大核心

摘要： 以拟南芥（Arabidopsis thaliana）AtFAD2为参考序列,通过BLAST进行同源序列比对,获得FAD2基因在甘蓝（Brassica oleracea）、白菜（Brassica rapa）和甘蓝型油菜（Brassica napus）基因组中的同源拷贝。运用生物信息学方法分析其氨基酸序列的组成、蛋白质基本理化性质、亚细胞定位、亲水性和疏水性、蛋白质二三级结构、保守结构域,并对FAD2基因编辑靶点进行预测及sgRNA设计。在白菜、甘蓝与甘蓝型油菜获得2条FAD2基因同源蛋白质序列;亚细胞定位显示这些AtFAD2同源蛋白质均位于内质网,肽链表现为疏水性、比较稳定;蛋白质序列二三级结构预测表明,主要以α-螺旋和无规则卷曲为组成成分;蛋白质序列保守结构域分析显示,FAD2具有高度的序列保守性,属于Membrane-FADS-like超家族,且含PLN02505保守结构域;系统进化树构建分析显示,甘蓝型油菜和白菜、甘蓝以及芥菜型油菜具有紧密的亲缘关系;CRISPR-Cas9基因编辑靶点分析发现,甘蓝型油菜FAD2基因中存在10段高度保守性序列可作为候选靶点,并设计出相应的sgRNA。

分类号： S565.4

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