基于SLAF-seq技术构建亚麻高密度遗传图谱

文献类型： 中文期刊

第一作者： 高凤云

作者： 高凤云;斯钦巴特尔;张辉;贾霄云;伊六喜;周宇;李强;叶应福;侯建华

作者机构：

关键词： 亚麻;SLAF-seq技术;高通量测序;SNP标记;高密度遗传图谱

期刊名称： 中国油料作物学报

ISSN： 1007-9084

年卷期： 2017 年 03 期

页码： 334-341

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为大量开发SNP用于构建亚麻高质量的连锁遗传图谱,以亚麻品系R43为母本,LH-89为父本,通过杂交构建F2群体,采用SLAF-seq技术,对两个亲本和F2群体100个个体进行高通量测序、SNP标记的开发及亚麻高密度遗传图谱的构建。对参考基因组进行电子酶切预测,最终确定使用HaeⅢ和RsaⅠ酶,酶切片段大小在314~414bp的序列定义为SLAF标签。其次,对基因组DNA进行酶切和SLAF文库构建。最后通过高通量测序获得测序数据,进行多态性SLAF的鉴定和SNP标记的发掘,采用High Map软件构建亚麻高密度遗传图谱。通过高通量测序,共获得196.29M reads,平均质量Q30为81.95%,平均GC含量为38.64%。通过生物信息学分析,共获得260 380个SNP标记,其中有4 547个SNP为高质量SNP标签,用于标记的定位和图谱的构建。共构建15个连锁群,总图距为2 632.94c M,标记间的平均距离为0.92c M。这是在亚麻中首次应用SNP标记构建的高密度遗传图谱,为亚麻的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。

分类号： S563.2

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