一株高病毒载量PCV2毒株的基因组特征及序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 常鑫

作者： 常鑫;蒋智勇;卞志标;徐民生;杨冬霞;杨傲冰;翟少伦

作者机构：

关键词： 猪圆环病毒2型（PCV2）;遗传进化分析;ORF1基因;ORF2基因;B细胞表位;抗原指数

期刊名称： 广东农业科学

ISSN： 1004-874X

年卷期： 2024 年 003 期

页码： 124-135

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2,PCV2）流行毒株的遗传进化情况，丰富PCV2分子流行病学数据，为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测，发现1株具有高病毒载量的PCV2毒株，命名为GD222858。通过PCR方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。使用MegAlign软件将该毒株ORF1、ORF2基因编码的氨基酸序列与PCV2同亚型参考毒株进行比对，分析氨基酸序列的相似性；采用DNAStar预测该毒株的Cap蛋白二级结构及B细胞表位，并与4株疫苗株DBN-SX07-2（HM641752）、LG（HM038034）、SH（HM038027）、ZJ（AY686764）的Cap蛋白抗原指数进行比对分析。【结果】GD222858毒株基因组长度为1 767 bp。遗传进化分析表明该毒株属于PCV2d亚型。与国内外82株参考毒株的核苷酸相似性为91.4%～99.6%，与越南毒株Han8（GenBank登录号：JQ181600）的亲缘关系最近。在ORF1编码的Rep蛋白处发现多个特异性突变位点F70Y、F77L、W202R、N256S;ORF2编码的Cap蛋白相对保守。Protean预测Cap蛋白的氨基酸第5～18、24～25、39～41、48～49、57～65、99、101、112～114、139～140、145～150、162～165、175～181、188～189、205～211、227～232位置处均可能存在潜在的B细胞表位。GD222858毒株的Cap蛋白抗原指数与4株疫苗株均有差异，在氨基酸45～57、124～132、223～233位置处抗原指数明显高于4株疫苗株，且与疫苗株HM038034差异最大。【结论】GD222858毒株感染猪群的原因可能是Rep蛋白多个位点发生特异性突变及疫苗株选用不当所致。

分类号： S852.651

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