猪丹毒杆菌SpaA基因的克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 林琳

作者： 林琳;江斌;吴胜会;张世忠

作者机构：

关键词： 猪丹毒杆菌;表面保护性抗原A;二级结构;B细胞抗原表位

期刊名称： 中国兽医学报

ISSN： 1005-4545

年卷期： 2013 年 33 卷 08 期

页码： 1232-1236

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在克隆猪丹毒杆菌表面保护性抗原A(surface protein A,SpaA)的编码基因,并预测该蛋白的二级结构和B细胞抗原表位,从而探讨猪丹毒杆菌SpaA蛋白在免疫保护中所起的作用。首先对猪丹毒杆菌SpaA基因进行PCR扩增、克隆和测序,并进行同源性比较。应用生物信息学方法,对猪丹毒杆菌SpaA蛋白的二级结构和B细胞抗原表位进行预测。结果显示,猪丹毒杆菌SpaA基因全长1 881bp,编码626个氨基酸,发育进化树结果表明分离的2株猪丹毒杆菌菌株与GenBank中其他菌株在进化树中关系较远,自成一个分支。二级结构的预测结果显示该蛋白主要以无规则卷曲、α螺旋和延伸链为主,只有少数的β转角;推测该蛋白有14个B细胞优势抗原表位区域、8个N-肉豆蔻酰化位点。该研究为进一步分析猪丹毒杆菌免疫机理、表位疫苗设计等奠定理论基础。

分类号： S852.61

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