基于BSA-seq技术挖掘芝麻株高相关候选基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 崔彦芹

作者： 崔彦芹;郭元章;侯少锋;李思达;关中波;徐桂真

作者机构：

关键词： 芝麻;株高;混池测序;候选基因

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2021 年 0S1 期

页码： 8-15

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了进一步挖掘芝麻株高相关基因,为适机收芝麻新品种选育提供理论指导,以冀航芝1号和DW607为亲本构建F2群体,并构建以株高为目标性状的极端混池,利用BSA-seq技术,采用ED和Δ（SNP-index或InDel-index）2种方法挖掘株高相关的染色体区段,注释区段内的基因信息,利用GO和KEGG等数据库分析注释基因的功能。结果发现,亲本之间共获得298 634个SNP和76 360个InDel,混池之间共获得24 048个SNP和9 630个InDel;基于SNP标记的ED方法关联到5个染色体区段,ΔSNP-index方法关联到3个染色体区段,两者的交集有3个;基于InDel标记的ED方法关联到5个染色体区段,ΔInDel-index方法关联到8个染色体区段,两者的交集有8个;4个染色体区段同时被SNP和InDel标记关联到,共注释到330个基因,比对到的前20个KEGG通路主要包括植物激素信号转导和能量代谢;GO富集结果表明,有18个基因参与生长素响应,可能是参与株高调控的关键基因。

分类号： S565.3

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