资阳香橙根cDNA全长文库的构建及EST分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王金萍

作者： 王金萍;宋二玲;姚利晓;李凤龙;何永睿;陈善春

作者机构：

关键词： cDNA文库;根;资阳香橙;表达序列标签;测序

期刊名称： 中国南方果树

ISSN： 1007-1431

年卷期： 2011 年 40 卷 03 期

页码： 1-5+10

收录情况： 北大核心

摘要： 以资阳香橙根RNA为材料,采用SMART技术构建了cDNA全长文库,并对其质量进行鉴定。结果显示,该文库的库容量为4.8×105pfu/mL,重组率为93%,文库插入片段大小主要集中在0.5~1.0 kb。从文库中随机挑取450个克隆进行5′端单向测序,去除载体序列及低质量的序列后,共获得有效长度大于150 bp的高质量ESTs(expressed sequence tags)序列438条,利用Bi-oEdit软件对有效ESTS序列进行片段重叠群分析和拼接后,获得251个独立基因(Unigenes),其中包括87个片段重叠群(Contigs)和164个独立的ESTs(Singlets);通过与NCBI的非冗余核酸数据库进行tBLASTx比对,初步确定已知功能基因146个,未知功能基因91个,另有14个unigene未与数据库中序列匹配。该研究为进一步分离克隆资阳香橙根部功能基因奠定了基础。

分类号： S666.4

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