糜子(Panicum miliaceum L.)全基因组YABBY基因家族鉴定与高渗溶液胁迫下表达特征

文献类型： 中文期刊

第一作者： 盘婉向

作者： 盘婉向;刘天鹏;何继红;董孔军;任瑞玉;张磊;杨天育

作者机构：

关键词： 糜子;YABBY基因家族;理化性质;进化分析;基因结构

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2022 年 005 期

页码： 1067-1078

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为系统了解糜子（Panicum miliaceum L.）YABBY基因家族成员及其特征，基于糜子基因组和注释数据，使用生物信息学的方法，鉴定分析了YABBY转录因子家族成员、染色体分布、蛋白特征、基因结构、进化关系、保守结构域、启动子区域的顺式作用元件及高渗溶液胁迫下表达特征。结果表明：糜子中含有17个YABBY基因，分别位于第1、2、3、4、5、6、12、15、16号染色体上，PmYABBY蛋白长度为125～935个氨基酸，等电点为5.70～10.33,家族成员含有3～13个内含子，通过亚细胞定位预测，所有成员都定位在细胞核中。利用MEGA7.0软件对拟南芥（Arabidopsis thaliana）、水稻（Oryza sativa）、玉米（Zea mays）、谷子（Setaria italica）和糜子YABBY基因家族的系统进化分析表明，17个糜子YABBY基因分为YAB1/YAB3、YAB2、CRC和INO 4个亚族。采用PlantCARE软件分析顺式作用元件发现，在糜子YABBY基因上游2 000 bp序列中，存在大量光应答和激素响应等种类和数目不同的顺式作用元件，表明该家族基因表达与光、激素等因素密切相关。幼苗期不同时间点PEG-6000高渗溶液胁迫下转录组测序数据分析显示，PmYABBY5、PmYABBY8、PmYABBY12、PmYABBY7、PmYABBY13、PmYABBY2、PmYABB9和PmYABBY7分别在地上器官（茎叶）、地下器官（根）中表达量变化较大，说明YABBY基因家族成员参与了非生物胁迫响应。研究结果可为糜子PmYABBY基因进一步功能解析和遗传利用提供科学依据。

分类号： S516

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