黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 简桂良

作者： 赵磊;张文蔚;齐放军;王升正

作者机构：

关键词： 棉花;抗病基因同源序列(RGA);核苷酸结合位点(NBS);生物信息学分析;多态性

期刊名称： 棉花学报

ISSN： 1002-7807

年卷期： 2011 年 23 卷 06 期

页码： 490-499

收录情况： 北大核心

摘要： 根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增。在9个品种中均扩增出500 bp左右的条带。对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序。在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列。这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同。用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3类。4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高。推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇。

分类号： S562

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