美洲水貂DQA基因全长cDNA克隆及其生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 于振兴

作者： 于振兴;孟冬梅;荣敏;姜莉莉;樊兆斌

作者机构：

关键词： 水貂;DQA基因;克隆;生物信息学

期刊名称： 吉林农业大学学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 003 期

页码： 369-375

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 参考NCBI GenBank中上传的雪貂、海獭DQA基因序列设计出RT-PCR扩增引物,克隆了美洲水貂DQA基因全长cDNA序列;利用生物信息学软件构建了DQA基因系统进化树,预测了DQA蛋白结构与功能。结果表明:DQA基因全长cDNA序列大小为1 147 bp, ORF序列为768 bp,编码255个氨基酸,存在23个氨基酸的信号肽序列;DQA蛋白第236位氨基酸疏水性最强,53位氨基酸亲水性最强,218～240氨基酸可能为跨膜区域;蛋白质二级结构存在3个α-螺旋区和14个β-折叠区,处于无规则卷曲状态。获得了一个DQA蛋白三级结构模型,覆盖范围为25～208氨基酸;系统进化树表明,美洲水貂与欧洲雪貂亲缘关系最近,与家马关系最远。该研究结果为进一步阐明水貂DQA基因和蛋白的结构与功能提供了一定数据基础。

分类号： S865.22

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