基于一步法全基因组关联分析解析蛋黄比率遗传结构

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭军

作者： 郭军;曲亮;邵丹;马猛;窦套存;卢建;胡玉萍;王星果;王强;李永峰;郭伟;童海兵

作者机构：

关键词： 蛋黄比率;遗传力;遗传结构;遗传相关;一步法全基因组关联分析

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2024 年 57 卷 021 期

页码： 4356-4366

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】利用全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构，旨在挖掘地方鸡种优异基因资源，进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体。依据F2设计构建试验群体，分别以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本，经正反交获得F1、F2代。表型数据组包括开产日龄、胫长、体重、蛋重、哈氏单位以及蛋黄比率。收集F2代产蛋鸡血液样本，以600K基因芯片对1 534只试验鸡进行基因型分型。对SNPs数据进行质量控制、基因型数据填充。表型数据经去除离群值等清洗步骤后，以单因素方差分析检验影响性状表型值的因素，确定列入固定效应的因子。以系谱数据构建遗传关系矩阵，以多性状动物模型分析资源群体方差组分及遗传参数；作为对比，以系谱数据加基因型分型数据构建杂交遗传关系矩阵，用单性状动物模型计算遗传力，用双性状动物模型计算遗传相关系数。利用BLUPF90软件获得SNP效应值，以postGSf90获得SNP对应的P值以及权重，从而获得蛋黄比率关联的基因组显著水平SNP。针对蛋黄比率性状，计算染色体遗传力和单倍型片段长度。【结果】东乡绿壳蛋鸡蛋黄比率高于白来航鸡蛋黄比率，品种-批次效应对表型值影响显著，将其列入统计模型固定效应。应用杂交遗传关系矩阵分析，蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.348±0.041、0.500±0.038，蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.463±0.075、-0.165±0.111；应用系谱遗传关系矩阵分析，蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.387±0.052、0.465±0.052，蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.405±0.091、-0.166±0.121。蛋黄比率关联分析的膨胀系数为1.007，表明蛋鸡资源群体未检测到层化结构。鸡22号染色体存在与蛋黄比率显著关联的遗传座位，在显著性SNP之下有8个支持位点超过基因组潜在水平线。显著性以及潜在水平SNP可解释2.18%的表型方差，单倍型片段长度达到71 kb。此外，鸡2号染色体也检测到基因组潜在水平SNP。染色体遗传力分析表明，蛋黄比率受微效多基因控制，染色体遗传力与该染色体容纳的基因数呈正比例。【结论】应用加权一步法GWAS解析了蛋黄比率遗传结构，筛选得到ADAM9基因与60周龄蛋黄比率密切相关；相比于系谱遗传关系矩阵，杂交遗传关系矩阵减少孟德尔抽样误差，获得的遗传参数更准确。

分类号： S831.2

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