谷子ARF基因家族的鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵艳

作者： 赵艳;瓮巧云;马海莲;宋晋辉;袁进成;王凌云;董志平;刘颖慧

作者机构：

关键词： 谷子;ARF;生物信息学分析;蛋白结构

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2016 年 17 卷 03 期

页码： 547-554

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 生长素应答因子(ARF,auxin response factors)是一类可以结合在生长素应答基因启动子部位的转录因子,在植物的生长发育中起至关重要的作用。本研究以谷子为材料,共鉴定出24个ARF基因,命名为Si ARFs。利用生物信息学对谷子Si ARFs基因的结构、染色体分布、基因倍增模式、系统进化以及基因的表达模式进行分析。结果表明,Si ARF基因家族在染色体上呈不均匀分布,除2号染色体外,其他染色体上都有该家族基因,基因的扩增模式为分散复制与片段复制。Si ARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3 DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域,ARF蛋白的3D结构含有3个α螺旋和7个β折叠结构。进化树分析表明谷子ARF蛋白和物种相近的高粱、玉米聚在一起。大多数ARF基因在谷子根、茎、叶和穗中都有表达,且不同基因表达量有较大差异。

分类号： S515

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