甘蓝BoNHX基因家族生物信息学分析与鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴沁安

作者： 吴沁安;张萌;丁一娟

作者机构：

关键词： 甘蓝;NHX;基因家族;生物信息学

期刊名称： 西藏农业科技

ISSN： 1005-2925

年卷期： 2025 年 47 卷 003 期

页码： 13-20

摘要： 为鉴定并分析甘蓝NHX 基因家族成员的生物信息,利用氨基酸特定序列比对和隐马尔可夫模型的蛋白结构域,在甘蓝全基因组中筛选并鉴定出NHX 基因家族成员 11 个,命名为BoNHX1~BoNHX11;利用 TBtools、MEGA11、Plant-CARE、MEME等软件和网站进一步分析 11 个甘蓝NHX 基因家族成员的理化性质.结果表明:11 个家族成员编码氨基酸127~1 166 个,分子量为 14 174.59~128 874.77 Da,等电点在 5.16~9.33.在拟南芥与甘蓝NHX 家族成员构建的系统进化树中,所有基因家族成员被分为 A/B/C3 个亚家族,每个亚家族成员在 3~12 个不等.对家族成员进行顺式作用元件预测,主要集中在光反应、激素响应、低温应答等过程.在拟南芥与甘蓝物种间共线性分析中,两者之间存在 12 对共线性关系;在甘蓝物种内共线性分析中,有 6 对共线性关系.在甘蓝基因组中共鉴定出NHX 基因家族成员 11 个,进一步分析表明,NHX 基因家族成员可能在胁迫应答、光反应以及激素响应等过程中发挥重要作用.

分类号： Q812%S635.1

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