基于转录组数据的柞蚕简单重复序列特征分析与EST-SSR分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 钟亮

作者： 钟亮;张博;徐亮;王凤成;李喜升;赵春山;刘彦群;谌苗苗

作者机构：

关键词： 柞蚕;转录组;EST-SSR分子标记;毛细管电泳

期刊名称： 蚕业科学

ISSN： 0257-4799

年卷期： 2022 年 001 期

页码： 40-47

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过高通量测序获得柞蚕幼虫的转录组数据，利用MISA软件从该转录组数据中检索到分布于12 846条UniGene的15 568个符合筛选条件的SSR位点，SSR位点的出现频率为14.72%。这些SSR位点的优势重复基元为单、二碱基，分别占SSR位点总数的77.64%和14.92%。在全部SSR位点共搜索到41种重复基元，其中单碱基重复基元以A/T为主，占该类型的98.71%;而二、三碱基重复基元以AT/AT和AAT/ATT为主，占比分别为73.47%和39.75%。序列长度≥20 bp的SSR位点共有511个，占总SSR位点的3.28%,也以单碱基和二碱基重复基元为主，占比分别为33.66%和37.57%。在其中选取69对引物进行PCR验证，筛选到31对有效扩增引物。利用10个柞蚕品种的幼虫总DNA,对随机选择的14对引物进行多态性验证，筛选到12对稳定、可重复的多态性SSR引物。研究结果将有助于建立柞蚕分子标记技术体系和开展柞蚕分子标记辅助育种研究。

分类号： S885.1

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