常规PCR法扩增口蹄疫病毒基因组5’端序列的探索

文献类型： 中文期刊

第一作者： 朱研

作者： 朱研;苗书魁;马文戈;李金娜;魏玉荣;汪萍;魏婕;米晓云;黄炯

作者机构：

关键词： 口蹄疫病毒;常规PCR;5’端序列;基因扩增

期刊名称： 新疆农业科学

ISSN： 1001-4330

年卷期： 2018 年 03 期

页码： 572-580

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】扩增口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)基因组5’端序列,为获得基因组全长准备基础。【方法】将FMDV O/Akesu/58 CE39A株液氮冻存基因组RNA反转录三次,对c DNA的5’端序列进行扩增、克隆、测序。【结果】以c DNA1与c DNA3为模板,用LA Taq DNA polymerase、EX Taq DNA polymerase、Prime STARHS DNA polymerase及3对引物Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ均未扩增出5’端目的片段;以c DNA2为模板,用LA Taq DNA polymerase为扩增酶,两对引物Ⅰ、Ⅱ均能扩增出5’端目的片段,且所测得的序列长度787 bp、797 bp与参考序列核苷酸同源性分别为86.2%和86.3%。【结论】常规PCR法扩增5’端序列较其它技术具有价格便宜、操作简便等优点,但扩增成功率偏低。试验共进行了72次PCR,成功率为6/72,说明FMDV 5’端序列的扩增难度大,应合理设计反转录引物和扩增引物。为许多RNA病毒反向遗传学研究提供了更多的选择。

分类号： S852.65

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