多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 徐民生

作者： 徐民生;柯海意;杨冬霞;施科达;孙泽仪;牛佳伟;常鑫;翟少伦;臧莹安;李春玲

作者机构：

关键词： 胸膜肺炎放线杆菌（APP）;全基因组测序;生物信息学分析;耐药基因;系统进化分析

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2022 年 010 期

页码： 4019-4031

收录情况： 北大核心

摘要： 【目的】通过对多重耐药胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae,APP）GD2107株进行全基因组测序及生物信息学分析，丰富APP基因组数据库信息；构建基于ApxⅣ基因的系统进化树，分析该菌株的进化关系，为探索APP致病机制和临床防控猪传染性胸膜肺炎（porcine contagious pleuropneumia, PCP）提供参考。【方法】通过药敏试验测定分离菌株的耐药谱；采用全基因组测序技术（whole genome sequencing, WGS）对细菌DNA进行全基因组测序，分别利用Illumina NovaSeq、PacBio SequeI测序平台对全基因组测序结果进行基因功能注释及生物信息学分析（包括基因组基本信息、功能元件分析及亚系统分析等）;基于ApxⅣ基因构建系统进化树。【结果】药敏试验结果显示，GD2107菌株对青霉素、头孢拉定（先锋Ⅵ）、卡那霉素等14种抗菌药均耐药。对GD2107株全基因组测序得到1条大小为2 271 987 bp的环状染色体（GC含量为41.21%）和2个大小分别为5 027和3 497 bp的环状质粒，共预测到2 290个编码基因，包含19个rRNA （7个5S rRNA、6个16S rRNA、6个23S rRNA）、21个tRNA基因、20个ncRNA;23个基因岛、4个原噬菌体和2组CRISPR相关序列；分别有2 112、1 549和1 866个基因在COG、KEGG和GO数据库中得到注释，且相关蛋白集中分布于APP的代谢过程；另外在毒力因子（VFDB）和耐药因子（CARD）数据库中还注释到48个毒力基因和22个耐药基因（仅floR基因位于质粒上）。绘制该菌株的全基因组圈图，将基因组信息提交至NCBI,获得染色体GenBank登录号为CP097377,质粒登录号分别为CP097378和CP097379。系统进化树分析发现，该菌株与来自中国的APP菌株（CP063424.1）进化关系最近。【结论】本研究完成了对多重耐药菌株GD2107的全基因组测序与生物信息学分析，全面认识了该菌株基因组的结构和功能并探究了耐药和致病机制中的相关基因，进化关系显示该菌株具有一定的地域流行性，为预防PCP的流行和探索APP的致病机制提供了参考。

分类号： S852.61

  • 相关文献

[1]鹅星状病毒XX株的分离鉴定及遗传特征分析. 金前跃,郭永刚,李俊朋,秦保亮,王寅彪,郭振华,王丽,邢广旭,邓瑞广,张改平. 2021

[2]一株分离自鸡肉样品的多重耐药大肠埃希菌的全基因组测序及耐药性研究. 常江,罗怡,唐标,张玲,戴贤君,裘罕琦,杨华,夏效东. 2019

[3]牛源乳腺致病性大肠杆菌JL05全基因测序及毒力和耐药基因分析. 曲星霖,肖丹,吴健,马晓媛,白翠,王妍,王楠. 2020

[4]海产源多重耐药共生菌的耐药表型及耐药基因分析. 吴书香,李丽倩,姚琳,王联珠,曲梦,李风铃,谭志军,江艳华,王鹏. 2023

[5]1株ST515型多重耐药单增李斯特菌全基因组测序分析. 杜冬冬,钱晶,常恒瑞,李红敏,魏向利,刘长勇,罗瑞峰,王国红,康立超. 2024

[6]绵羊肺炎支原体GH3-3株全基因组测序及生物信息学分析. 田彤彤,葛家振,高鹏程,李学瑞,宋国栋,郑福英,储岳峰. 2024

[7]江苏省部分地区畜禽源弯曲菌耐药基因、毒力基因及遗传多样性分析. 唐梦君,周倩,张小燕,唐修君,陆俊贤,陈薇,高玉时. 2025

[8]1株鸡源奇异变形杆菌的全基因组测序及生物信息学分析. 茹梦珂,李穗湘,吴雪琴,严钰璋,王璐,程海鹏. 2025

[9]1株多重耐药鸡源印第安纳沙门菌特性与全基因组测序分析. 沈学怀,赵瑞宏,尹磊,侯宏艳,戴银,胡晓苗,殷冬冬,王洁茹,潘孝成,周学利,刘永杰. 2025

[10]山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析. 江锦秀,张靖鹏,林裕胜,毛坤明,游伟,黄丽丽,胡奇林. 2020

[11]玉米蔗糖合成酶基因家族的全基因组鉴定及表达分析. 陈曙,赵秋芳,陈宏良,金辉. 2019

[12]敖鲁古雅驯鹿SRY基因的生物信息学分析. 何金明,鞠妍,邢秀梅,王磊,董依萌,鞠贵春. 2022

[13]水稻外源DNA导入变异系与受体的农艺性状差异及其基因变异分析. 胡远艺,彭彦,毛毕刚,王津津,赵炳然. 2013

[14]高质量竹黄菌全基因组DNA的提取方法比较. 黄青青,乙引,魏洪美,任锡毅,刘永翔. 2015

[15]吲哚放线杆菌AIFJ1607株全基因组测序及耐药特性分析. 车勇良,陈秋勇,陈如敬,吴学敏,王隆柏,刘玉涛,周伦江. 2021

[16]紫芝栽培品种‘武芝2号’(‘紫芝S2’)全基因组测序及分析. 陈体强,徐晓兰,石林春,钟礼义. 2021

[17]抗病毒转基因大豆事件外源T-DNA序列分析及定性检测. 刘东波,邢国杰,赵倩倩,杨静,牛陆,杨向东,仲晓芳. 2020

[18]山羊地方性鼻内肿瘤病毒ENTV-2FJ株的分离纯化和全基因组序列分析. 江锦秀,林裕胜,张靖鹏,游伟,黄丽丽,毛坤明,胡奇林. 2020

[19]引起芭蕉芋细菌性软腐病的玉米迪基氏菌(Dickeya zeae)CE1的全基因组序列及比较基因组学分析. 张景欣,沈会芳,蒲小明,孙大元,杨祁云,林壁润. 2020

[20]固氮斯氏假单胞菌A1501的PST1305(arsC)基因遗传进化及表达调控的研究. 樊慧俐,窦岳坦,燕永亮,平淑珍,林敏. 2008

作者其他论文 更多>>

微信小程序