稻瘟病菌含信号肽小蛋白的计算机分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 业艳芬

作者： 业艳芬;李成云;杨静;王云月;李进斌;刘林;苏源;朱有勇

作者机构：

关键词： 稻瘟病菌;小蛋白;信号肽;分泌

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2006 年 0 卷 S1 期

页码： 276-282

收录情况： CSCD

摘要： 结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件SignalPv3.0、TargetPv1.1、Big-PIpredictor、TMHMMv2.0和SecretomeP对已公布的1486个稻瘟菌(magnaporthegrisea)小蛋白基因的N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。分析结果表明,在1486个稻瘟病菌小蛋白中,119个具有N-端信号肽的典型分泌蛋白。其中116个具有分泌型信号肽,1个具RR-motif型信号肽,2个具信号肽酶II型信号肽。在稻瘟病菌基因组中,分泌型小蛋白的序列是高度趋异的,仅出现少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别用BLAST2SEQUENCES对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列对比。结果表明,具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高。同时还采用Sublocv1.0对1486个小蛋白的亚细胞位置进行了预测,结果显示小蛋白的可能功能场所包括细胞质、细胞外、线立体和细胞核,功能场所位于细胞核的小蛋白是最多的。

分类号： S435.111.41

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