梨PucACO、PucACS基因家族鉴定及其生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘亚龙

作者： 刘亚龙;欧春青;张艳杰;李舒然;王晨;吝茹雪;姜淑苓;王斐

作者机构：

关键词： 梨遗传育种;PucACS;PucACO;生物信息学;基因结构;蛋白质结构

期刊名称： 西北农林科技大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-9387

年卷期： 2024 年 52 卷 012 期

页码： 105-122

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]对梨PucACO、PucACS基因家族进行生物信息学分析,为进一步研究PucACO、PucACS基因家族在梨生长发育过程中的功能奠定基础.[方法]在'中矮1号'基因组中鉴定出梨PucACO、PucACS基因家族,利用ExPASy、Plant-mPLo、NetPhos等软件分析PucACO、PucACS蛋白的理化性质,使用TBtools分析PucACO、PucACS基因家族的基因结构、构建进化树及共线性分析,使用Swiss-Model、I-TASSER、ROBETTA预测PucACS、PucACO蛋白的3D模型,并使用SAVEs6.0对其进行质量评估,再使用VMD对PucACO、PucACS蛋白的三级结构进行美化.[结果]共鉴定出8个梨PucACO基因和8个梨PucACS基因,其中梨PucACO基因编码蛋白长度为226~322个氨基酸,核苷酸序列一致性及氨基酸序列同源性分别为38.05%~99.78%和29.39%~99.70%,相对分子质量为25.75~36.54 ku,等电点为5.07~5.84;所有PucACO基因编码的蛋白质均为亲水性蛋白质,部分为不稳定蛋白,亚细胞均位于细胞质中,脂肪系数为76.13~89.25,热稳定性比较好.梨PucACS基因编码的蛋白长度为432~794个氨基酸,核苷酸序列一致性及氨基酸序列同源性分别为31.79%~100%和30.00%~100%,相对分子质量为48.41~89.77 ku,等电点为5.48~8.41;不稳定系数均大于40,为不稳定蛋白质;PucACS2位于细胞质中,其余均位于叶绿体中;脂肪系数为77.17~84.40,热稳定性较好,均为亲水性蛋白质.PucACS和PucACO蛋白生物学功能主要以丝氨酸磷酸化修饰为主,均不含信号肽位点,无跨膜结构,且不含GPI锚定蛋白位点.二级结构预测结果表明,PucACS、PucACO蛋白质结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主,PucACS中包含多个保守的脯氨酸,PucACO中包含多个保守的组氨酸.梨PucACS基因家族分为3类,PucACO基因家族可以分为2类,PucACS、PucACO家族各成员的基因结构和保守基序差异较小,内含子数量和所包含的基序大致相同.梨PucACS、PucACO基因家族启动子顺式作用元件分析结果表明,该启动子中存在多种与植物生长调控、植物激素调节、逆境诱导等相关的作用元件.拟南芥与梨共存在24对共线性关系,其中PucACS家族与拟南芥构建了 16对共线性关系,PucACO家族与拟南芥构建了 8对共线性关系.梨物种内部的共线性分析结果表明,PucACO家族之间存在3对共线性关系,PucACS家族之间存在4对共线性关系.[结论]鉴定出8个梨PucACS基因和8个梨PucACO基因,其生物信息学分析结果丰富了梨PucACS和PucACO基因的分子生物学理论.

分类号： S661.232

  • 相关文献

[1]绵羊Wnt2蛋白生物信息学分析. 薛丽娜,景炅婕,党文庆,李鹏飞,吕丽华. 2019

[2]绵羊FGF5基因编码蛋白的生物信息学分析. 刘伍限,贾斌,石国庆. 2011

[3]乌苏里貉KIT基因及编码蛋白生物信息学分析. 白秀娟,姜恩泽,苏杭,朱宇航,许愿,徐逸男,李雪,韩志强,徐超. 2020

[4]奥利亚罗非鱼DMRT1基因推导蛋白的结构和功能预测. 曹谨玲,陈剑杰,吴婷婷. 2009

[5]牛FAS基因的生物信息学分析. 焦斐,阎萍,梁春年,郭宪,包鹏甲,裴杰,丁学智,褚敏,吴晓云,刘建. 2011

[6]奥利亚罗非鱼DMO蛋白结构和功能预测的研究. 曹谨玲,陈剑杰,吴婷婷. 2009

[7]杜仲SQS基因的特征信息分析. 雷跃,杨仕梅,张天缘,赵德刚,宋莉. 2019

[8]地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)外切葡聚糖酶CelB基因的发掘及功能鉴定. 陈燕,吴倩倩,刘春宇,郭媛,林丽华,黄日波. 2013

[9]激光散射技术在PSE猪肉鉴定中的应用研究. 黄雯琪,潘伟春,韩剑众. 2015

[10]遗传算法在蛋白质结构预测中的应用. 张超,卢艳,李冀新,黄卫宁,陈正行. 2006

[11]PSE猪肉蛋白溶解度的研究. 黄雯琪,潘伟春,韩剑众. 2016

[12]基于测序技术的海南地方猪TLR4基因多态性分析. 张艳,刘海隆,王文秀,黄丽丽. 2019

[13]青麦仁面条品质分析. 张国治,杨徐宁,卫阿枝,张康逸. 2019

[14]蜂王浆中水溶性蛋白质和活性肽的研究进展. 张智武,单斌,彭文君,孙丽萍. 2007

[15]花生粕脂肪含量对豆腐品质的影响. 郭亚龙,胡晖,王强,刘红芝. 2018

[16]超声辅助提取对鸡肝蛋白结构及功能特性的影响. 王立,张坤,邹烨,张新笑,李鹏鹏,王道营,徐为民. 2018

[17]中国水仙水通道蛋白基因cDNA克隆、序列分析与表达. 林江波,王伟英,邹晖,戴艺民. 2011

[18]植物SWEET基因家族的相关研究进展. 陈慧敏,李威,马雄风,张飞,杨代刚,胡守林. 2017

[19]Cyanovirin-N蓝藻的筛选及其分子鉴定. 郑斯平,陈彬,郑伟文. 2010

[20]挤压过程中蛋白质结构的变化. 房岩强,魏益民,张波. 2011

作者其他论文 更多>>

微信小程序