基于简化基因组的上海水牛遗传结构分析和家系鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙玲伟

作者： 孙玲伟;高骏;陆雪林;章伟建;刘炜;胡杰;张德福;戴建军

作者机构：

关键词： 上海水牛;简化基因组测序;长纯合片段;近交系数

期刊名称： 上海畜牧兽医通讯

ISSN： 1000-7725

年卷期： 2024 年 003 期

页码： 8-13,18

摘要： 为提高上海水牛的育种效率和遗传种质资源丰富度，采用基因测序分型（genotyping by sequencing,GBS）技术对8 0头上海水牛进行基因组测序，质控后获得高质量的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP），进行群体亲缘关系以及近交系数分析。结果显示：从80头上海水牛的24条常染色体和1条性染色体上共检出的99 963个高质量SNP位点、874个连续纯合片段（runs of homozygosity, ROH）;80头上海水牛分为2个大支（家系），A1和A2属于第一大支（家系A），包含9头公水牛、18头母水牛；B1、B2和B3属于第二大支（家系B），包含16头公水牛、37头母水牛。基于ROH测算近交系数的结果显示：25头公水牛和55头母水牛的平均近交系数分别为0.014 5和0.011 4。本研究构建了上海水牛家系，揭示了上海水牛的近交状态，为上海水牛繁育工作提供了科学依据。

分类号： S823.83

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