猪FASN基因功能性单核苷酸多态性的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王芳

作者： 王芳;马红;张冬杰;付博;郭镇华;汪亮;李忠秋;刘娣

作者机构：

关键词： 猪;FASN基因;非同义SNPs（nsSNPs）;SNP功能预测;蛋白质高级结构;构建

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN：

年卷期： 2023 年 011 期

页码： 62-66,137

收录情况： 北大核心

摘要： 为了筛选出猪FASN基因中具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms, nsSNPs）位点，试验采用生物信息学方法对FASN基因的nsSNPs位点进行了研究。首先利用Ensembl数据库分析FASN基因nsSNPs位点的相关信息，然后利用SIFT、Polyphen2和Provean三种方法预测nsSNPs位点的有害性，再利用ConSurf server、I-Mutant 3.0、Mupro、BDM-PUB、SUMO plotTM、NetPhos 2.0 Server等在线软件对nsSNPs位点的进化保守位点、蛋白质稳定性、泛素化位点、磷酸化位点进行预测，SOPMA和MutPred2在线软件分析nsSNPs位点对FASN蛋白二级结构和三级结构的影响，最后使用Phyre2和VMD软件预测和构建野生型和突变型FASN蛋白的空间结构。结果表明：FASN基因有2个转录子，共38个nsSNPs位点，其中有7个位点被SIFT、Polyphen2和Provean三种方法均预测为有害突变位点，分别是L215F、V560G、R409C、F494L、L560R、R872W、R1123W。L215F、F494L位点属于高保守性位点；7个位点都可降低FASN蛋白的稳定性且不存在泛素化修饰，只有L215F位点存在磷酸化修饰；7个位点都可能参与了FASN蛋白二级结构的形成；L215F、V560G、L560R位点对FASN蛋白的三级结构有影响。说明L215F位点可能是猪FASN基因的潜在功能性位点。

分类号： S828

  • 相关文献

[1]奥利亚罗非鱼3种C型溶菌酶基因的克隆及其序列分析. 禹绍国,叶星,张莉莉,田园园,劳海华,白俊杰,卢迈新. 2010

[2]FASN基因与牦牛肌内脂肪酸组成的相关性研究. 秦文,吴晓云,李天科,阎萍. 2014

[3]猪FASN基因表达与胴体及肉质性状相关性研究. 张雄,史开志,张勇,郭勇,陈大军,尚以顺. 2021

[4]贵州黑山羊不同肌肉组织FASN基因表达与肌内脂肪含量相关性分析. 骆金红,刘凤丹,谭晓山,周迪,杨蓉,张蓉,熊先勤,李世歌,李小冬,陈光吉,谢玲玲,敖叶,陈强,裴成江,尚以顺. 2023

[5]脂肪酸合成酶基因(FASN)的研究进展. 周国利,金海国. 2008

[6]牦牛FASN基因多态性及其与肉质性状的相关性研究. 褚敏,焦斐,吴晓云,阎萍,梁春年,郭宪,裴杰,丁学智,包鹏甲. 2014

[7]农业科研档案信息化构建与问题解析. 孙祎龙,藏新宇,栾天浩,翟季. 2017

[8]种子产业化链联接机制的构建与创新. 陈亲凯,陈有诚,陈志兴. 2005

[9]新常态下会计职业道德的构建措施. 张萼. 2016

[10]农业科研成果转化链联接机制的构建. 陈志兴,楼洪兴. 2005

[11]构建创新体系 提升创新能力 为新农村建设提供强大科技支撑. 严少华,李德新. 2007

[12]关于构建农业科技园区生态循环技术指标体系的思考. 赵志辉,张晨. 2016

[13]感染高梁花叶病毒甘蔗叶片cDNA文库构建及评价. 张雨良,张树珍,王健华,熊国如,王俊刚,余乃通,刘志昕. 2012

[14]基于贡献度的企业薪酬体系构建探讨——以饲料企业为例. 范磊,赵博,白红杰,高方,田云峰,李凤利,朱昆,赵炳宜. 2016

[15]农业环境污染突发事件应急信息系统构建. 姚秀荣,刘申,刘凤枝. 2008

[16]浅谈人力资源战略管理之努力构建农业科研单位核心竞争力. 王农,蔡彦明. 2010

[17]生态农业可持续性评价指标体系的构建. 覃群明. 2014

[18]江苏省新型农业科技平台的构建. 葛兆建,赵月兵,杨华,周汝琴,石春山. 2014

[19]财务会计的目标理论研究. 任延辉. 2012

[20]构建成果转化模式 推进农业科技创新. 葛兆建. 2014

作者其他论文 更多>>

微信小程序