甘蓝EST-SSR标记的开发与应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈琛

作者： 陈琛;庄木;李康宁;刘玉梅;杨丽梅;张扬勇;程斐;孙培田;方智远

作者机构：

关键词： 甘蓝;EST-SSR;标记开发;指纹图谱

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2010 年 37 卷 02 期

页码： 221-228

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI数据库下载62567条甘蓝相关EST,处理后得到19611条无冗余的EST,对其进行SSR搜索,共得到1219条SSR,分布在1176条EST上,分布密度为1/11.48kb,包括273种重复基元。在甘蓝EST-SSR中,二核苷酸(353个SSR)和三核苷酸(423个SSR)占主导地位,所占比例分别为28.96%和34.70%;出现最多的重复基元是AG/CT,占总数的25.59%,其次为AAG/CTT(94个,占7.71%)。针对1176条含有SSR的EST设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛,897对引物有扩增产物,共扩增出1026条扩增带;128对引物表现出多态性,共有258条多态性带(占总带数的25.15%)。利用4对多态性引物,初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关EST数据库中开发的SSR引物有较好的可用性。

分类号： S635.3

  • 相关文献

[1]药用植物苦参EST-SSR标记的开发及DNA指纹图谱的构建. 段永红,雷海英,张旭,吴玉香,孙毅. 2018

[2]辣椒EST-SSR标记的开发与验证. 李永平,林珲,康建坂,温庆放. 2016

[3]棉花EST-SSR新标记特征及其遗传多样性分析. 梁维维,张大伟,陈全家,曲延英,高文伟. 2013

[4]紫苏EST-SSR分布特征及标记开发. 张天缘,宋莉,沈奇. 2017

[5]白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选. 剡转转,任艳,吴凡,骆凯,张代玉,闫启,张宇飞,赵玉凤,张吉宇. 2017

[6]南瓜属EST-SSR标记的开发及在杂种纯度鉴定中的应用. 张国裕,张帆,姜立纲,翟伟卜,李海真. 2011

[7]圭亚那柱花草新EST-SSR标记验证及其在柱花草属上的转移. 丁西朋,罗小燕,贾庆麟,白昌军. 2015

[8]大白菜EST-SSR标记开发中非SSR标记的鉴别. 周新成,刘立峰,李化银,高建伟. 2010

[9]川芎转录组SSR分析与EST-SSR标记的开发. 彭芳,杨泽茂,钟文娟,牟方生,龚一耘,戢沛城,蒲德强,黄海燕,杨晓,张超. 2017

[10]草莓EST-SSR标记的开发与应用. 王静,赵密珍,于红梅,王壮伟. 2011

[11]栽培种花生EST-SSR引物的开发及应用. 肖洋,廖伯寿,晏立英,黄家权,任小平,雷永,姜慧芳. 2010

[12]辣椒EST-SSRs分布特征及其应用. 支莉,王述彬,刁卫平,刘金兵,潘宝贵,戈伟,于彩云. 2010

[13]与甘蓝中心柱长相关联的EST-SSR标记分析. 孙朋朋,刘基生,张扬勇,方智远,刘玉梅,杨丽梅,龚义勤,柳李旺,李占省. 2014

[14]与甘蓝中心柱长相关联的 EST-SSR 标记分析. 孙朋朋,刘基生,张扬勇,方智远,刘玉梅,杨丽梅,龚义勤,柳李旺,李占省,庄木. 2014

[15]甘蓝自交系背景选择标记的建立. 刘基生,苗雯雯,王冬梅,庄木,方智远,刘玉梅,杨丽梅,张扬勇,李占省. 2014

[16]用EST-SSR分子标记技术构建大白菜核心种质及其指纹图谱库. 李丽,何伟明,马连平,刘庞源,徐海明,徐家柄,郑晓鹰. 2009

[17]甘蓝SNP标记开发及主要品种的DNA指纹图谱构建. 李志远,于海龙,方智远,杨丽梅,刘玉梅,庄木,吕红豪,张扬勇. 2018

[18]秋甘蓝品种的SSR指纹图谱的构建. 陈琛,张兴桃,程斐,庄木,刘玉梅,杨丽梅,张扬勇,方智远. 2011

[19]中国50个甘蓝代表品种EST-SSR指纹图谱的构建. 王庆彪,张扬勇,庄木,杨丽梅,刘玉梅,吕红豪,方智远. 2014

[20]海蓬子属植物EST序列的SSR信息分析与标记开发. 黄益洪,张强,张大勇,徐照龙,许玲,刘晓庆,何晓兰,马鸿翔. 2013

作者其他论文 更多>>

微信小程序