牛体外受精胚胎抗氧化相关的长链非编码RNA表达谱

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭芹芹

作者： 郭芹芹;李凤;孙尉峻;郝海生;刘岩;赵学明;庞云渭;朱化彬;杜卫华

作者机构： 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;;中国农业科学院北京畜牧兽医研究所;

关键词： 谷胱甘肽;长链非编码RNA;转录组测序;共表达分析;靶基因

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2017 年 07 期

页码： 1229-1240

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在探究培养液中添加3mmol·L~(-1)谷胱甘肽(Glutathione,GSH)对牛体外受精胚胎中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表达谱的影响。收集8~16-细胞期和桑椹期的胚胎,构建文库后测序,筛选差异lncRNAs,共表达分析后,获得的差异基因进行GO功能注释和KEGG通路分析;同时对lncRNA进行了顺式作用靶基因的预测及其功能分析;通过荧光定量PCR对8个lncRNAs表达水平进行检测,验证测序结果的准确性。测序共得到4 273个lncRNAs,通过对其表达量、长度和外显子个数分析表明,测序数据的可靠性较好。筛选共得到59个差异lncRNAs(其中23个在对照组(不添加GSH)上调,而在处理组(添加3mmol·L-1 GSH)下调;36个在对照组下调,而在处理组上调),在对照组和处理组中,59个lncRNAs分别与754和2 782个蛋白编码基因共表达,这些基因分别参与47和48个功能分类,且主要富集于5和13条信号通路。对23和36个差异lncRNAs临近的145和154个蛋白编码基因进行GO注释,结果表明,这些基因分别参与35和43个功能分类。14个lncRNAs共表达的差异基因参与谷胱甘肽代谢通路。综上表明,在培养液中添加GSH能导致胚胎lncRNA表达谱的变化。

分类号： S823

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