东方山羊豆盐诱导抑制差减杂交文库构建及其表达序列标签分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 宋清晓

作者： 宋清晓;王学敏;高洪文;Dzyubenko Nikolay;Chapurin Vladimir;韩永增;杨冬梅;李玉坤

作者机构：

关键词： 东方山羊豆;盐诱导;抑制消减杂交;ESTs;RT-PCR

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2010 年 11 卷 06 期

页码： 777-783

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为筛选东方山羊豆盐诱导差异性基因,以250 mmol/L NaCl处理的东方山羊豆cDNA为实验组,未经诱导刺激的为驱动组,利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建消减文库并对其部分阳性克隆进行了ESTs序列分析。该消减文库克隆的重组率为92%,插入片段大部分集中在0.2～1kb之间。随机挑取500个克隆进行测序及同源性分析,获得258个cleanESTs,经聚类、拼接,去除冗余序列,共获得132个Unigene,其中含有32个contigs和100个singlets,该文库的冗余度为24%。对其进行功能预测及分类,得到大量参与信号转导、转录调控、渗透和代谢调节、机体防御以及光作用等过程的相关基因。随机选择非重复的4个差异表达的序列设计引物,以半定量PCR方法验证其消减效率,结果显示,诱导组的表达量显著高于非诱导组,表明该文库有较高质量,且所采用的技术手段有助于快速发现东方山羊豆新功能基因。

分类号： S54

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