一个陆地棉水通道蛋白基因的生物信息学分析(英文)

文献类型： 中文期刊

第一作者： 倪万潮

作者： 倪万潮;巩元勇;郭书巧;束红梅;沈新莲;徐鹏;张香桂;郭琪

作者机构：

关键词： 陆地棉;水通道蛋白;GhNIP5.1基因;生物信息学

期刊名称： Agricultural Science & Technology

ISSN： 1009-4229

年卷期： 2014 年 02 期

页码： 196-199+230

摘要： [目的]对陆地棉水通道蛋白基因GhNIP5.1进行生物信息学分析,为深入研究陆地棉水通道蛋白的功能提供研究基础。[方法]利用电子克隆的方法,获得棉花GhNIP5.1基因的开放阅读框序列,并对该序列进行了生物信息学分析;利用已公布的棉花基因组测序结果,搜索获得GhNIP5.1基因的编码区序列。[结果]序列分析表明,所获得cDNA序列具有完整的897 bp的开放阅读框,编码298个氨基酸残基;该氨基酸序列具有MIP超家族典型的NPA保守序列;它同葡萄和拟南芥的NIP5.1氨基酸序列的一致性最高,分别为89.3%和83.2%,在拟南芥NIP家族9个成员中,GhNIP5.1蛋白的氨基酸序列同AtNIP5.1同源性最高;该蛋白的三维结构也同拟南芥AtNIP5.1的非常相似;GhNIP5.1基因的编码区全长2 067 bp,包含4个外显子和3个内含子,所有内含子的左右边界均为GT-AG结构。[结论]GhNIP5.1基因可能具有同拟南芥AtNIP5.1类似的生理功能。

分类号： S562

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