利用转录组测序方法研究獭兔毛色相关基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 牛晓艳

作者： 牛晓艳;任克良;曹亮;李燕平;郑建婷;冯国亮;黄淑芳

作者机构：

关键词： 转录组测序;獭兔;毛色;差异表达;GO和KEGG通路分析

期刊名称： 中国草食动物科学

ISSN： 2095-3887

年卷期： 2016 年 36 卷 02 期

页码： 1-6

摘要： 利用转录组测序方法分析了不同毛色(白色和海狸色)獭兔皮肤组织中基因的表达差异,旨在找到影响獭兔毛色的候选基因。采用Illumina Hi Seq TM2500测序平台对不同毛色獭兔耳组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到GO、COG、SWISS-PROT数据库中注释,并进行差异表达基因聚类分析和KEGG通路分析。结果表明:测序共获得Unigene 275 625个,差异表达基因12 408个,其中上调表达基因4 904个,下调表达基因7 504个。KEGG通路分析发现,这些差异基因显著地富集在13个代谢通路中,并在细胞色素代谢通路(metabolism of xenobiotics by cytochrome P450)中有8个差异表达的基因,其中CP2F1和CP2BB属于细胞色素P450家族成员,而GSTA4与黑素细胞分化有关,可能在獭兔毛色中发挥作用。

分类号： S829.1

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