梨全基因组生长素反应因子(ARF)基因家族鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 欧春青

作者： 欧春青;姜淑苓;王斐;赵亚楠

作者机构：

关键词： 梨;ARF;转录因子;生物信息学;基因表达

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2018 年 02 期

页码： 327-340

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】明确梨ARF转录因子在梨基因组中的数量、结构和组织表达差异,为揭示ARF转录因子在梨树生长素信号途径及在矮生梨生长发育中的作用奠定理论基础。【方法】根据文献报道的苹果、拟南芥等植物中的ARF转录因子基因,利用BLAST软件鉴定梨基因组中的ARF。采用SMART、PROSITE、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、MEME、GSDS 2.0和MEGA 5.1等软件对其蛋白和基因序列进行生物信息学分析。采用q PCR方法检测梨ARF在矮生梨‘中矮1号’不同组织器官及3个不同生长势梨品种木质部和韧皮部中的表达情况。【结果】鉴定得到31个梨ARF,所有Pb ARF蛋白均含有1个Auxin_resp结构域和1个B3结构域,除Pb ARF11、12、24、25和26外,其他序列的C末端还存在一个PB1(AUX_IAA)结构域。保守元件分析表明,Pb ARF基因家族包含15个保守元件,并非每个蛋白均含有所有保守元件。分组鉴定和进化树分析结果显示,Pb ARF蛋白可以被分为4组。基因结构分析表明,Pb ARF基因家族成员由2—15个外显子组成,基因结构进化高度保守。q PCR结果显示,所有Pb ARF在‘中矮1号’根、韧皮部、木质部、叶、花和果实中均有表达,表达模式各有不同,Pb ARF29在3个梨品种韧皮部中的表达表现出植株越矮表达量越高的趋势,Pb ARF16、17、18、27等4个基因在3个梨品种木质部中的表达表现为植株越矮表达量越低的趋势。【结论】梨基因组中含有31个ARF基因家族成员;所有Pb ARF蛋白均含有Auxin_resp和B3两个高度保守的结构域;Pb ARF结构进化高度保守;所有Pb ARF在‘中矮1号’不同组织器官、基砧杜梨根系及3个梨品种的木质部和韧皮部中均有表达,其中,Pb ARF29、16、17、18、27等5个基因的表达可能与梨树植株的高矮有关。

分类号： S661.2

  • 相关文献

[1]辣椒WOX转录因子家族的鉴定、进化与表达分析. 张烨达,王星,王丽萍,佟静,武占会,高彦魁. 2023

[2]普通烟草WRKY基因家族的鉴定及表达分析. 向小华,吴新儒,晁江涛,杨明磊,杨帆,陈果,刘贯山,王元英. 2016

[3]不同处理方式的妃子笑荔枝花穗ARF基因家族的表达分析. 董晨,魏永赞,王弋,郑雪文,李伟才. 2018

[4]枸杞MYB103转录因子的生物信息学分析. 尹跃,曹有龙,陈晓静,赵建华. 2012

[5]急性T淋巴细胞性白血病关键基因的筛选与验证. 蒋光洁,陈燕华,郭维,张航,邹琳. 2018

[6]一个新的葡萄抗逆转录因子VvERF2基因的In silico克隆及生物信息学分析. 高峰,熊爱生,彭日荷,李贤,蔡斌,薛永,付晓燕. 2008

[7]硒都黑猪NT5C1A基因核心启动子区鉴定及转录因子预测. 任双,吴俊静,彭先文,张志红,周佳伟,梅书棋,乔木,杜志强. 2024

[8]基于RNA-seq技术的茶树CsbHLH62生物信息学分析. 曹丹,金孝芳,马林龙,刘艳丽,郭桂义. 2019

[9]甘蓝型油菜‘沪油15'中两个CBF类转录因子的克隆与分析. 庄静,朱波,金晓芬,彭日荷,乔玉山,章镇,熊爱生,姚泉洪. 2008

[10]软枣猕猴ICE1基因克隆与生物信息学分析. 张庆田,范书田,李昌禹,艾军,秦红艳. 2019

[11]水稻转录因子NF-YB家族的生物信息学分析. 余东,孙志忠,孙学武,谭炎宁,盛夏冰,段美娟,袁定阳. 2018

[12]拟南芥AtOFP8的生物信息学分析及表达分析. 唐尧,张微,尹艳莉,冯鹏,陈宇峰,常缨. 2018

[13]芒果果实bHLH家族转录因子的生物信息学分析. 郑斌,文定青,武红霞,邹明宏,刘恒,王松标,赵巧丽. 2019

[14]海南龙血树4个DcTIFY10转录因子的鉴定和表达分析. 丁旭坡,马纳纳,庞宽壮,蔡彩虹,戴好富,梅文莉. 2019

[15]森林草莓全基因组MADS-box转录因子基因的鉴定及凤梨草莓果实FaMADS1基因克隆. 周厚成,李刚,赵霞,康兆茹,郭蔼光. 2014

[16]杧果转录因子BES1s家族全基因组鉴定及生物信息学分析. 夏煜琪,孙宇,刘志鑫,孙瑞青,杨楠,蒲金基,张贺. 2022

[17]辣椒全基因组WRKY转录因子的分析. 刁卫平,王述彬,刘金兵,潘宝贵,郭广君,戈伟. 2015

[18]高温胁迫下酸枣WRKY转录因子的鉴定及表达分析. 张欢,靳娟,樊丁宇,郝庆,杨磊,牛建新. 2022

[19]玉米bZIP转录因子的生物信息学分析. 于滔,王成波,曹士亮,孙培元. 2016

[20]越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析. 宋杨,刘红弟,张红军,窦连登. 2015

作者其他论文 更多>>

微信小程序