鳀科鱼类线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张丽丽

作者： 张丽丽;程起群

作者机构：

关键词： 鳀科;线粒体;基因组特征;自然选择;系统进化

期刊名称： 海洋渔业

ISSN： 1004-2490

年卷期： 2012 年 34 卷 01 期

页码： 9-16

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解鳀科鱼类的线粒体全基因组序列结构特征及系统发育信息,以期为进化遗传学研究和分子标记的选取提供参考依据,对已知的10种鳀科鱼类的线粒体全基因组进行分析。结果显示:1)鳀科线粒体基因组全序列长度在16 660 bp到17 069 bp之间,基因组的结构和基因排列顺序与其它硬骨鱼类一致。2)比对后获得一致序列长度为15 704 bp(不含D-loop),其中变异位点5 570个,占所有位点数的35.5%。在编码基因中,序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47.5%和0.276),最小的是tRNA拼接序列(分别为18.7%和0.072)。3)基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’s D检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择,purifying selection)的作用;其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka/Ks<1),而ND6基因受正选择(positive selection)影响较大(Ka/Ks>1)。4)ND4、ND2和Cytb是进行鳀科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]3种鲳属鱼类线粒体COI基因序列变异及系统进化. 张凤英,马凌波,施兆鸿,马春艳. 2008

[2]中国闪蛱蝶亚科线粒体全基因组测定及系统进化研究. 曹天文,王菊平,张敏,聂新平,宣善滨,马恩波. 2019

[3]4个绵羊品种线粒体细胞色素b基因的序列差异和系统进化研究. 张传生,耿立英,万海伟,李吉涛,杜立新. 2005

[4]4种河蓝蛤线粒体COI和16S rRNA基因序列的种间遗传分析. 孙超,刘志鸿,杨爱国,周丽青,吴彪,严加坤,侯丫,董春光. 2014

[5]鳀科(Engraulidae)鱼类DNA条形码电子芯片研究. 柳淑芳,李献儒,李达,庄志猛. 2016

[6]芋[Colocasiaesculenta(L.) Schott]的倍性水平及基因组特征解析. 殷剑美,王立,蒋璐,韩晓勇,郭文琦,李春宏,张培通. 2019

[7]一株猪源化脓隐秘杆菌的鉴定、生物学特性研究与基因组分析. 谭佳,曾艳兵,李海琴,张帆帆,杨群,方绍培,季华员,谭美芳. 2021

[8]鸡腺病毒血清8a型毒株的分离鉴定及致病特点. 李慧昕,宋文平,韩宗玺,刘胜旺. 2023

[9]Asia1型口蹄疫病毒YNBS／58株基因组特征及其表达研究. 独军政,常惠芸,丛国正,林彤,邵军军,沈小燕,才学鹏,谢庆阁. 2006

[10]玉米Suwan种质改良过程中的关键基因组区段发掘. 李秀诗,吴迅,吴文强,刘鹏飞,郭向阳,王安贵,祝云芳,陈泽辉. 2019

[11]两株不同疾病型鸭呼肠孤病毒部分生物学特性的比较. 陈仕龙. 2013

[12]川芎基因组survey测序及其特征分析. 毛常清,沙秀芬,黄静,陶珊,彭芳,李群,张超,袁灿. 2023

[13]侵染假酸浆的泰国番茄黄化曲叶病毒全基因组结构特征. 张水英,赵丽玲,钟静,李婷婷,丁铭. 2023

[14]苹果茎痘病毒在山楂中的首次鉴定与序列分析. 高德航,何成勇,邢飞,侯婉莹,李世访,战斌慧,王红清. 2021

[15]柑桔黄脉病研究进展. 李文婷,陈克玲,何建,何礼,关斌,张国艳,刘建军. 2024

[16]一株多谱系重组NADC34-like-PRRSV的分离鉴定及其基因组特征分析. 张兴民,张婧,虞凌雪,王健,王方洲,李娇阳,李国秀,李冬,马雪青,白兴文,龚真莉,卢曾军,曾巧英,孙普. 2024

[17]基于高通量测序技术鉴定青花椒花叶病病原. 邢飞,夏思丹,戚志恩,金畑宏,淳长品. 2025

[18]大豆异地衍生RIL群体部分质量性状的自然选择效应. 李永春,邢邯,徐冉,盖钧镒. 2008

[19]消化道微生态研究进展. 杨艳,潘宝海. 2013

[20]大豆异地衍生RIL群体主要数量性状的自然选择效应. 李永春,喻德跃,徐冉,盖钧镒,邢邯. 2008

作者其他论文 更多>>

微信小程序