利用"黄海芯1号"55K SNP芯片评估凡纳滨对虾选育群体的遗传多样性与基因组近交水平

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘丹阳

作者： 刘丹阳;孔杰;王平;陈荣坚;傅强;罗坤;陈宝龙;隋娟;孟宪红;代平;谭建;曹家旺;李旭鹏;康子仪;刘绵宇;强光峰;迟长凤;栾生

作者机构：

关键词： 凡纳滨对虾;黄海芯1号;遗传多样性;连续性纯合片段;基因组近交系数

期刊名称： 海洋与湖沼

ISSN： 0029-814X

年卷期： 2024 年 55 卷 002 期

页码： 479-488

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的"高抗系"(GK),二是培育具有快速生长特性的"快大系"(KD).然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究.基于液相芯片"黄海芯1号"(55 K SNP)的基因分型数据,首次分析了 GK(1 064尾个体)和KD(564尾个体)选育群体的遗传结构和遗传多样性,调查了连续性纯合片段(ROH)的基因组分布特征,并重点评估了两个群体的基因组近交水平.PCA及进化树分析表明GK及KD群体可明确分层,亲缘关系热图表明KD群体内个体间的亲缘关系比GK群体更近.GK群体包括的家系数量更多,导致其遗传多样性高于KD群体;两群体间的Fst为0.09,存在中等遗传分化.GK和KD群体每个ROH的平均长度分别为(1.70±0.34)Mb和(1.65±0.38)Mb,每个样本ROH的平均数量分别为1.98±1.30和2.07±1.37.GK和KD群体0.8~1.25 Mb长度的ROH占比分别为11.41%和19.17%,表明KD群体的选育历史比GK群体更长.两个群体>2.25 Mb长度的ROH片段占比分别为10.26和9.74%,表明两个群体短期内未发生近亲交配.七种基因组近交系数评估结果表明,KD群体的近交水平高于GK群体.不依赖基础群体等位基因频率的FROH和FHOM方法可准确地评价育种群体的真实近交水平,而FVR1、FYA1和 FLH1等依赖基础群体等位基因频率的方法可以用来比较群体及个体间的相对近交水平.上述结果为准确地评估育种群体的近交水平和优化育种方案提供了重要参考依据.

分类号： Q953%Q789%S968

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