茉莉花全基因组SSR标记开发及其亲缘关系鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李春牛

作者： 李春牛;苏群;李先民;黄展文;孙明艳;卢家仕;王虹妍;卜朝阳

作者机构：

关键词： 茉莉花;SSR分子标记;亲缘鉴定;遗传多样性;全基因组

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2024 年 51 卷 010 期

页码： 2343-2357

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 根据茉莉花（Jasminum sambac）全基因组序列进行SSR分子标记开发，分析其SSR位点的组成及特征，并开展40份素馨属（Jasminum）种质的遗传多样性分析及41份茉莉花开放授粉系的亲缘关系鉴定。利用MISA软件对单、双瓣茉莉花全基因组进行SSR位点检索，共检测到140803个，重复基元中共有5种重复类型，以二核苷酸和三核苷酸的重复次数最多，分别为87 785次和46 735次，占SSR总位点数的62.35%和33.19%。挑选单、双瓣茉莉花共有且存在变异的SSR位点，根据单瓣茉莉花的参考基因组，采用Primerv3.0软件成功设计出1847对SSR引物，随机挑选出均匀分布的240对引物，以8个遗传背景差异较大的茉莉花种质混合DNA为模板对其进行扩增，最终确定了14对多态性SSR标记。利用开发的14对SSR标记对40份茉莉花种质进行检测，共发现169个等位基因，平均等位基因数（Na）、有效等位基因（Ne）、Shannon's信息指数（I）、观察杂合度（H_o）和期望杂合度（He）分别为12.1、4.067、1.772、0.505和0.725，多态性信息含量（PIC）介于0.378～0.817之间，均值为0.702。通过UPGMA聚类，在Nei's遗传距离0.82处将40份茉莉花种质划分为3大类群；在遗传距离0.66处，茉莉花和毛茉莉（J.multiflorum）聚为一类。群体结构分析表明40份茉莉花种质可分为3个类群，群体间存在部分种质混杂。利用开发的SSR标记对41份开放授粉系及14份候选父本进行检测，共发现103个等位基因，平均Na、Ne、I、H_o和He分别为7.4、2.446、1.061、0.366和0.522,PIC介于0.159～0.744之间，均值为0.477，有6对引物为高度多态位点；在Nei’s遗传距离0.82处将55份供试材料划分为3大类群，供试茉莉花母本及其开放授粉系全部聚为一类，在遗传距离0.28处2个茉莉花母本分别与其开放授粉系聚在一起。利用Cervusv3.07软件分析SSR位点在开放授粉系和已知母本及候选父本的遗传多样性参数，位点累积排除概率随位点数增加而增大，对于单亲已知类非父本排除概率（NE-2P）,14个位点的累积排除概率高达0.9962；当候选父本、三联体置信度均在95%时，41份开放授粉系中有30份鉴定出父本，其似然对数比值（LOD）均为正值，其中判定为自交子代的有26个，占86.67%，判定为杂交子代的有4个，占13.33%，杂交子代的父本均为泰国双瓣茉莉。

分类号： S685.16

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