基于公共数据库牙鲆EST-SSR的开发及特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘奕

作者： 刘奕;陈伟兴;周丹;陈晓婷;王美玉;王桂兴;刘海金

作者机构：

关键词： 牙鲆;表达序列标签;EST-SSR;引物

期刊名称： 海洋渔业

ISSN： 1004-2490

年卷期： 2013 年 35 卷 02 期

页码： 137-142

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究对公共数据库中的15 268条牙鲆EST序列进行处理和分析。在917条EST序列中查找到SSR,出现频率为12.6%,分布密度为1/5.7 kb。优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸重复,占63.5%和24.3%,并且分别以(AC)n重复(63.9%)和(AGC)n重复(15%)最多。基序重复次数以6次为最多,占24.0%。运用所得到的EST-SSR序列设计484对引物,经牙鲆群体验证,共获得了357对有效引物,占总引物数73.8%。研究结果为牙鲆及亲缘关系较近物种的EST-SSR标记的开发提供基础,同时也为后续遗传研究提供有效的分子标记。

分类号： S917.4

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