基于16S rDNA高通量测序技术分析湖北黑头羊瘤胃细菌的多样性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 索效军

作者： 索效军;杨前平;陶虎;熊琪;李晓锋;陈明新;张年

作者机构：

关键词： 湖北黑头羊;瘤胃细菌;多样性;16S rDNA;MiSeq测序

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医(上半月)

ISSN： 1004-7034

年卷期： 2019 年 010 期

页码： 46-50,178

收录情况： 北大核心

摘要： 为了解湖北黑头羊瘤胃细菌多样性及群落结构,选择体重(35±2)kg、安装有永久性瘤胃瘘管的12月龄湖北黑头羊羯羊15只,正常饲喂20 d后采集瘤胃液样品,提取样品总DNA后对细菌16SrDNA序列的V4区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq PE300平台对扩增子进行高通量测序,并采用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析.结果 表明:15个样本共获得高质量有效序列51 762条,基于97%相似性共归为851个操作分类单位(OTU);α-多样性指数表明Chao1、Ace指数分别为509.39,502.40,Shannon、Simpson指数分别为6.23,0.958 2;经过物种注释和统计,15个门、24个纲、24个目、34个科以及87个属被鉴定;拟杆菌门(Bacteroidetes,66.94%)、厚壁菌门(Firmicutes,23.41%)、柔膜菌门(Tenericutes,3.19%)为优势门,拟杆菌纲(Bacteroidia,66.09%)、梭菌纲(Clostridia,20.74%)为优势纲,拟杆菌目(Bacteroidales,66.09%)、梭菌目(Clostridiales,20.74%)、厌氧原体目(Anaeroplasmatales,2.75%)为优势目,普雷沃氏菌科(Prevotellaceac,43.88%)、理研菌科(Rikenellaceac,12.33%)、毛螺旋菌科(Lachonospiraceae,10.47%)为优势科,普雷沃代菌属1(Prevotella_1,35.37%)、普雷沃氏菌科未分类属(unclassified,17.73%)、理菌属_RC9(Rikenellaceae_RC 9_gut _group,12.00%)为优势菌属.说明湖北黑头羊瘤胃细菌多样性较低,最优势菌门为拟杆菌门,厚壁菌门次之;普雷沃氏菌属1是湖北黑头羊瘤胃中最优势细菌属.

分类号： S813.24%S826

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