油棕EST序列中SSR的分布特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吴春太

作者： 吴春太;陈青;刘锐;李维国

作者机构：

关键词： 油棕;EST;SSR

期刊名称： 中国油料作物学报

ISSN： 1007-9084

年卷期： 2012 年 34 卷 01 期

页码： 101-105

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为充分利用现有公共数据库中的EST资源开发EST-SSR引物,本研究从GenBank数据库获取39 227条油棕EST,通过聚类拼接和处理,得到全长为7 977.734 kb的无冗余序列15 716条。在这些序列中共检索出699个SSRs,检出率为4.45%,平均11.41 kb出现1个SSR,包括99种重复基元。其中,二核苷酸和三核苷酸重复是主要的类型,分别占总SSRs的38.48%和25.32%。在所有的核苷酸重复基序中,二核苷酸重复序列AG/CT所占比例最高,约占27.47%。Blastx分析发现44.95%的SSR-ESTs与非冗余蛋白质序列数据库(nr)中功能基因同源,功能已知的蛋白质中葡萄来源的SSR-ESTs所占比例最大,为4.42%。同时对54条SSR-ESTs通过GO体系进行功能分类,其中46条能找到同源物,其余8条无同源物,这些序列可划分为18个亚类,在所有功能亚类中,结合活性的功能项和SSR-ESTs数量最多,另外580条未被注释功能信息。

分类号： S565.9

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