长链非编码RNA(lncRNA)在甘蓝型油菜分枝角度调控中的功能分析与预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙程明

作者： 孙程明;周晓婴;陈锋;张维;王晓东;彭琦;郭月;高建芹;胡茂龙;付三雄;张洁夫

作者机构：

关键词： 甘蓝型油菜;株型;分枝角度;长链非编码RNA;转录组

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2025 年 51 卷 003 期

页码： 559-567

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 分枝角度是影响油菜种植密度和机收效率的关键株型性状,适度紧凑的株型结构有利于提高油菜种植密度、降低机收损失。本研究以2个分枝角度差异大的株系为材料,对抽苔期幼嫩分枝进行链特异性RNA-seq。分析表明, 6305个基因在2个株系间差异表达,包括FUL、SGR5、SGR6、SGR9、AXR1、ARG1、PIN1和PIN5等分枝角度相关途径基因在油菜中的同源拷贝, GO富集通路包括色氨酸、生长素和磷脂酰肌醇等重力反应相关物质的合成、代谢通路。基于转录组数据,鉴定了4467个在分枝中活跃表达的lncRNA,包括3460个lincRNA、778个lncNAT和229个ilncRNA。50.3%的lncRNA包含转座子序列,其中Gypsy和Copia家族LTR逆转座子是2种主要插入类型。分析发现, 1713个lncRNA在2个株系间差异表达,比较与50个分枝角度关联位点的位置关系, 37个差异lncRNA落在26个关联位点的置信区间内。利用本研究和已公开的共计103份分枝转录组数据进行表达相关性分析,共鉴定了17,782个lncRNA-基因间靶向关系,包括1003个lncRNA和4592个基因,靶向基因包括LAZY1、SGR5、FUL1、WRKY40等分枝角度已知基因在油菜中的同源拷贝。本研究结果有助于解析lncRNA在油菜分枝角度调控中的作用,为今后分子调控机制的研究奠定了基础。

分类号： S565.4

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