猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 姚令

作者： 姚令;王海;黄露;安星宇;陈文;王莉爽;薛原;吴石平

作者机构：

关键词： 丁香假单胞菌猕猴桃致病变种;多位点串联重复序列分析;群体遗传结构;引物;筛选

期刊名称： 果树学报

ISSN： 1009-9980

年卷期： 2024 年 006 期

页码： 1188-1198

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合.[方法]针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(Simpson's index,SI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合.[结果]34对引物对中国Psa扩增效果均良好,其中TR14与TR11II、TR19与Psa-01引物序列相同;TR8与Psa-08、TR39II与Psa-10、GM-1834与TR10I、GM-1553与TR64II、TR19Psa-01与TR19II扩增同一TR;Psa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2II扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开.[结论]TR23/Psa-04、Psa-03、Psa-05、Psa-06、TR10IGM-1834、TR30I、TR1II、Psa-10TR39II、TR64IIGM-1553等9对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据.

分类号： S663.4%S436.634

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