江苏大豆上分离的豇豆轻斑驳病毒基因组序列克隆及特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吉颖

作者： 吉颖;孙枫;吴淑华;李硕;涂丽琴;高丹娜;崔晓艳;陈新;季英华;郭青云

作者机构：

关键词： 大豆;豇豆轻斑驳病毒;全基因组序列;克隆;特征分析

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2022 年 37 卷 003 期

页码： 200-205

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为明确豇豆轻斑驳病毒江苏分离物的基因组结构特征,阐明其分类地位及进化特点,选择采自江苏的CpMMV大豆分离物作为研究对象,针对病毒基因组序列设计了4对特异性引物,以病样总RNA反转录后获得的cDNA为模板,通过分段法对其基因组序列片段进行了PCR扩增,扩增产物克隆至T载体经验证后进行序列测定,获得的序列片段经拼接组装得到病毒全基因组序列.序列分析结果显示,CpMMV江苏分离物基因组核苷酸序列全长8194 bp,编码6个蛋白,5′端和3′端各含有一个非编码区(UTR),长度分别为72,117 nt;在编码的6个蛋白中,CP与其他分离物之间的同源性较高(96.5% ~100.0%),相对保守;而RdRp(81.1% ~98.2%)、TGB1(81.0% ~97.0%)、TGB3(80.9% ~95.6%)同源性相对较低,在不同分离物中表现较好的多样性;基于全基因组序列的系统进化分析结果显示,江苏分离物与已公开的其他CpMMV分离物同源性较高,共同聚类到一个大分支上,其中与中国安徽分离物同源性最高(98.2%),与海南分离物次之(96.0%),而与美国、巴西、印度、墨西哥、肯尼亚等国外分离物同源性相对较低(<82.7%).这些研究结果表明,CpMMV江苏分离物与其他CpMMV分离物具有类似的基因组结构特征,在系统进化上,江苏分离物与国内分离物近缘而与国外分离物远缘.

分类号： S435.651

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