冬瓜高通量转录组测序及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 叶新如

作者： 叶新如;张前荣;陈敏氡;王彬;刘建汀;朱海生;温庆放

作者机构：

关键词： 冬瓜;高通量测序;转录组;基因注释

期刊名称： 西北农林科技大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-9387

年卷期： 2019 年 008 期

页码： 54-64

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]获得冬瓜转录组序列、遗传变异等信息,从中挖掘冬瓜基因数据及SSR分子标记,为冬瓜后续研究提供数据支撑.[方法]以冬瓜嫩叶为材料,利用Illumina HiSeqTM2000技术对冬瓜进行转录组测序,构建数据库从中获得干净序列.经De novo拼接组装后,将获得的单基因簇(Unigene)数据在非冗余蛋白数据库(nonredundant protein database,Nr)、蛋白质序列数据库(Swiss Prot protein database,Swiss Prot)、基因本体论数据库(gene ontology,GO)、蛋白质真核同源数据库(eukaryotic orthologous groups,KOG)、东京基因与基金组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、蛋白质家族域数据库(protein families database,Pfam)6个公共数据库中进行比对,最终得到冬瓜单基因簇注释信息.利用MISA软件对转录组单基因簇进行搜索,获得单基因簇中的SSR位点.[结果]从冬瓜嫩叶中得到62 021 032条高品质序列,组装后获得40 611条单基因簇,平均长度955 bp.将所有单基因簇在Nr和Swiss Prot数据库中进行比对,结果分别比对到27 474及19 573条单基因簇;在GO数据库中,所注释到的10 659条单基因簇分别匹配到生物功能、分子功能和细胞组分3个本体的47个功能组中;与KOG数据库进行注释比对,根据其功能将注释到的单基因簇划分为25类;KEGG数据库比对注释到10 799条冬瓜的单基因簇,可分为5个大类、19个亚类、125条代谢途径;在Pfam数据库中比对到17 990条单基因簇,分属于369个类群.SSR位点搜索发现,有5 086条单基因簇包含SSR序列,获得5 474个SSR位点.[结论]利用高通量测序获得大量冬瓜转录组信息,有助于从分子水平对冬瓜进行深入研究.

分类号： S642.3

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