基于“天河二号”的水产病原生物信息分析平台构建及其在水产病原分析中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 方翔

作者： 方翔;李宁求;付小哲;李凯彬;林强;刘礼辉;石存斌;吴淑勤

作者机构：

关键词： 生物信息学;天河二号;水产病原

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2015 年 37 卷 07 期

页码： 702-710

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 作为生命科学的关键组成,生物信息学已被广泛地应用于基因组学、转录组学和蛋白质组学中。然而,生物信息分析平台的构建需要高性能计算机而非普通的个人电脑,从而极大地限制了生物信息学在水产科学中的应用。本研究基于"天河二号"超级计算机,构建了水产病原生物信息分析平台。该平台由基因组与转录组测序数据分析、蛋白质结构预测和分子动力学模拟3个功能模块组成。为了验证该平台的实用性,以水生动物病原微生物为例进行了生物信息学分析。通过Blast检索、GO和Inter Pro注释,鉴定了约氏黄杆菌(Flavobacterium johnsoniae)M168株的功能基因并对其进行了注释。通过同源模建,构建了草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)HZ-08的5个小节段的蛋白结构模型。对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)外膜蛋白A进行了分子动力学模拟,并观察了平衡过程中系统温度、总能量、均方根偏差和环区构象的变化。以上结果均显示本研究成功建立了在"天河二号"超级计算机上运行的水产病原生物信息分析平台。此项研究将为其他学科生物信息分析平台的构建提供思路和线索。

分类号： S941`Q811.4

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