禽白血病病毒感染鸡肝脏的转录组变化与新基因分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李国辉

作者： 李国辉;韩威;张会永;王洪志;殷建玫;苏一军

作者机构：

关键词： 转录组测序;汶上芦花鸡;SNP;基因结构;功能注释

期刊名称： 中国家禽

ISSN： 1004-6364

年卷期： 2016 年 38 卷 12 期

页码： 16-20

收录情况： 北大核心

摘要： 试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到可靠的SNP位点673 689个,其中位于基因区的SNP位点469 160个,基因间的SNP位点204 544个。6个样品中平均8 249个基因涉及可变剪接,其中外显子跳跃事件比例最大,其次为第一个外显子可变剪接事件,并对6 283个基因结构进行了优化,修正基因的边界。与所选鸡的参考基因组序列进行对比,共发掘新基因1 446个,其中1 058个新基因得到功能注释。研究进一步完善汶上芦花鸡的基因结构信息,为发掘潜在的新抗白血病基因提供分子水平依据。

分类号： S858.31

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