基于SLAF-seq技术的甘薯种质资源群体遗传进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李慧峰

作者： 李慧峰;黄咏梅;李彦青;滑金锋;吴翠荣;范继征;陈天渊

作者机构：

关键词： 甘薯;种质资源;SLAF-seq;遗传进化分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2019 年 12 期

页码： 2390-2396

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于简化基因组测序技术对122份甘薯种质资源进行分析,开发SNP位点并将其应用于种质资源群体结构和遗传进化分析。结果表明,从122份甘薯种质资源中共获得563.18 Mb读长,不同材料的读长数量在1 419 809～8 392 785范围之间。测序质量值Q30在90.61%～96.82%之间,平均Q30为92.78%。测序获得的GC含量在36.46%～40.33%之间,平均GC含量为38.17%,对照GC含量为40.72%。根据测序结果共开发出高质量的SLAF标签2388759个,平均测序深度为17.45'。其中,多态性的SLAF标签77761个,占SLAF标签总数的3.26%。根据所获得多态性SLAF标签统计SNP位点信息,共计获得129 063个群体SNP位点。遗传进化分析表明122份种质资源可以分为3个大类,分类结果与它们的地理来源无直接关系,聚类结果可为甘薯育种亲本组配和杂种优势利用提供科学依据。

分类号： S531

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