基于白木香转录组的SSR序列特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 向琳

作者： 向琳;曾军;王昊;李薇;董文化;戴好富;梅文莉

作者机构：

关键词： 白木香;转录组;简单重复序列;序列特征;种质资源

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 22 卷 009 期

页码： 2971-2978

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究白木香的简单重复序列特征,开发SSR分子标记用于白木香种质资源的遗传分化和分子鉴定,本研究鉴定了白木香转录组unigene序列的SSR位点,对其SSR的分布及序列特征进行统计分析,进而设计SSR引物,并验证其SSR引物的多态性.结果表明,在128 712条unigene中共鉴定到9 362个SSR位点,分布频率为7.27%.SSR序列中双碱基重复序列最多,占总SSR的54.90%;白木香双碱基重复序列以AG/CT、AC/GT为主,占34.22%.SSR位点重复次数主要集中在5~11次,占总SSR位点数的96.56%,其中三碱基重复5次的SSR位点数最多,共有1 925个.设计并合成50对引物,其中35对引物可扩增出预期大小条带,扩增效率达到70%.以24个不同白木香个体对35对引物进行扩增,采用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测SSR引物多态性,表明SSR引物具有多态性.研究表明,白木香转录组SSR重复基元类型丰富,分布密度高,多态性高,可用于白木香资源的遗传多样性评价、遗传分化、种质鉴定和分子育种等后续研究.

分类号： S567.19

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