番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 丁安明

作者： 丁安明;李凌;屈旭;孙亭亭;陈雅琼;宗鹏;李尊强;龚达平;孙玉合

作者机构：

关键词： 番茄;PPR基因家族;生物信息学

期刊名称： 遗传

ISSN： 0253-9772

年卷期： 2014 年 36 卷 01 期

页码： 77-84

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在,其在植物生长发育过程中至关重要。文章采用生物信息学方法,利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列,最终确定了番茄中可能存在的471个PPR编码基因;根据拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)中鉴定的各个结构域的特点对其进行了蛋白结构分析、分类和保守序列分析,并对番茄PPR基因家族进行了系统进化树构建、染色体定位、亚细胞定位预测、表达和GO分析等。结果表明:番茄PPR基因家族分为P和PLS两个亚家族,各占序列数目的一半,PLS亚家族又分为PLS、E、E+和DYW四类,且在进化树中形成不同的分支;各个结构域在植物中非常保守;PPR基因家族分布在番茄12条染色体上,且多数无内含子结构;大部分PPR蛋白具有线粒体或叶绿体定位序列,GO分析表明PPR蛋白参与RNA相关的生物学过程。

分类号： Q811.4

  • 相关文献

[1]茶树PPR基因家族全基因组鉴定及白化相关基因表达分析. 刘丁丁,王君雅,汤榕津,陈亮,马春雷. 2021

[2]番茄Hsp70基因鉴定及系统发育关系分析. 王荣青,万红建,李志邈,叶青静,阮美颖,周国治,姚祝平,杨悦俭. 2014

[3]番茄WRKY转录因子in silico鉴定及表达分析. 万红建,俞锞,袁伟,刘云飞,叶青静,王荣青,阮美颖,姚祝平,杨悦俭. 2013

[4]番茄组蛋白乙酰转移酶(HAT)的全基因组鉴定与分析. 史建磊,熊自立,李涛,张海利,宰文珊. 2020

[5]番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析. 万红建,袁伟,俞锞,刘云飞,李志邈,叶青静,王荣青,阮美颖,周国治,姚祝平,杨悦俭. 2013

[6]番茄C2H2型锌指蛋白的鉴定及生物信息学分析. 胡军华,王大伟,杨明磊,王新,朱海,朱佩,刘贯山. 2018

[7]基于GEO数据库分析番茄干旱胁迫关键基因与信号通路. 杨巍,唐兵,周麟笔,马关鹏,谭国飞,瞿飞,王天文,曾庆鸿,王洪亮,邓英. 2022

[8]番茄GRX基因家族的鉴定及表达分析. 苏慧慧,李涛,黎振兴,李植良,王永飞. 2015

[9]番茄查尔酮合成酶基因的鉴定及生物信息学分析. 阮美颖,万红建,叶青静,王荣青,姚祝平,周国治,俞锞,袁伟,刘云飞,杨悦俭. 2013

[10]甘薯、番茄、拟南芥中SPL转录因子的生物信息学分析. 荣誉磊,周志林,赵冬兰,唐君,彭湘君,赵玉琪,宗凯,吕亚宁,姚改芳,胡康棣,张华. 2021

[11]番茄β-BAM基因家族全基因组鉴定及其盐胁迫和外源植物生长调节剂下的表达分析. 李贤国,陈兆龙,王泽鹏,戴麒,余庆辉,李宁. 2024

[12]番茄B3超家族成员鉴定及生物信息学分析. 孙亭亭,王大伟,龚达平,陈乐,陈雅琼,孙玉合. 2015

[13]番茄AT-hook基因家族的鉴定及胁迫条件下的表达分析. 丁丽雪,李涛,李植良,徐小万,李颖,王恒明,王永飞,马三梅,黎振兴. 2016

[14]番茄CCCH类锌指蛋白家族的鉴定及其表达分析. 李贤国,戴麒,王泽鹏,陈兆龙,闫会转,李宁. 2025

[15]急性病毒性坏死病毒魁蚶株IAP-86基因全长cDNA克隆和生物信息学分析. 张帅,王崇明,岳志芹,宋晓玲,白昌明,尹伟力,黄倢. 2015

[16]高羊茅春化基因FaVRN1的克隆与分析. 王小利,陈伟,李晚忱,吴佳海,刘晓霞. 2009

[17]植物DNA甲基转移酶的生物信息学分析. 吴春太,李维国,高新生,张晓飞. 2010

[18]不同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析. 杨红文,粟朝芝,王春凤,韦毕芬. 2008

[19]大肠杆菌HspQ基因的生物信息学分析. 周辉,宋莉,赵德刚. 2018

[20]香蕉Ran家族基因的全基因组分析. 张雅玲,方智振,赖钟雄. 2015

作者其他论文 更多>>

微信小程序