芸薹属AC基因组中VIT基因家族的鉴定与进化

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周荣芳

作者： 周荣芳;袁午舟;童超波;黄军艳;程晓晖;于景印;董彩华;刘越英;刘胜毅

作者机构：

关键词： 白菜;甘蓝;甘蓝型油菜;全基因组;液泡铁离子转运蛋白;进化分析

期刊名称： 中国油料作物学报

ISSN： 1007-9084

年卷期： 2014 年 36 卷 05 期

页码： 551-561

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解液泡铁离子转运蛋白(vacuolar iron transporter,VIT)编码基因在芸薹属作物中的进化关系,在已完成的拟南芥、白菜、甘蓝以及甘蓝型油菜全基因组测序基础上,利用HMMER软件根据VIT保守的结构域对拟南芥、白菜、甘蓝和甘蓝型油菜全基因组的蛋白质序列进行同源检索,在四个物种中分别鉴定得到了9个、13个、12个和14个VIT候选基因;并且系统发育分析显示,VIT基因家族在四个物种可分为3类。VIT基因的启动子区域富含LTRE、ABRE、MYC、MYB和W-box等逆境应答相关顺式作用元件。蛋白质特性分析结果表明VIT结构域中具有多个保守的疏水氨基酸位点。表达谱分析显示所有VIT基因在所选取的组织中都有不同程度的表达。同时,线性对应的同源基因表达模式既有相似之处,又存在分化,而串联重复基因簇表达模式基本一致。

分类号： Q943.2

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