籽粒苋PEPC基因密码子使用偏性特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 冯瑞云

作者： 冯瑞云;闫建俊;侯雅静;雷梦林;郝雅萍;王慧杰;白云凤

作者机构：

关键词： 籽粒苋;PEPC基因;密码子偏好性;聚类分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2018 年 16 卷 20 期

页码： 6646-6656

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶是(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC)是C_4光合途径的关键酶之一。为了解籽粒苋PEPC基因密码子的使用特性,运用CHIP、CUSP、CodonW和SPSS软件分析籽粒苋PEPC基因密码子的偏好性,并分别与其他24种物种PEPC以及模式生物基因组进行比较。结果显示,籽粒苋PEPC基因偏好使用A/T结尾的密码子,26种偏好密码子(RSCU>1)中偏好性较强的有GCT、CTC和GTG (RSCU较强)。与其他物种同源基因相比,密码子选择偏性存在差异。进化树分析表明,基于PEPC基因编码序列聚类结果比密码子使用偏性分类结果能更准确地反映物种间的亲缘关系;密码子使用频率比较结果发现,酵母真核表达系统更适用于籽粒苋PEPC基因异源表达实验,而籽粒苋PEPC基因与模式植物基因组之间密码子使用偏性差异较小,尤其番茄可能为该基因转基因研究最为理想的受体。本研究为籽粒苋PEPC基因在作物高光效基因工程中选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供了前期的研究基础。

分类号： Q943.2

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